More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0628 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  100 
 
 		 202 aa  416  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  68.32 
 
 		 201 aa  298  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  67.33 
 
 		 201 aa  294  8e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  65.84 
 
 		 201 aa  286  1e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  67.33 
 
 		 201 aa  285  4e-76  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  66.83 
 
 		 201 aa  284  5e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  66.83 
 
 		 200 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  65.84 
 
 		 201 aa  282  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  64.36 
 
 		 201 aa  279  2e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1641  ribosomal protein S4  63.86 
 
 		 201 aa  271  4.0000000000000004e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.38 
 
 		 200 aa  269  2e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1391  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.94 
 
 		 201 aa  231  6e-60  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0779  30S ribosomal protein S4  53.99 
 
 		 209 aa  210  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0600575 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  52.83 
 
 		 206 aa  207  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 206 aa  204  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 207 aa  204  6e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0456  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 208 aa  204  8e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.189833  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  51.46 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 206 aa  202  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0517  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 208 aa  203  2e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04497  30S ribosomal protein S4  53.52 
 
 		 208 aa  203  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.777393  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  50 
 
 		 208 aa  201  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 201 aa  200  9e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  51.89 
 
 		 206 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2301  ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0792347  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  51.89 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  50.47 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  48.78 
 
 		 203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  51.89 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 206 aa  198  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  49.26 
 
 		 262 aa  198  5e-50  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  53.66 
 
 		 202 aa  197  6e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 203 aa  197  7e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 200 aa  197  7e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  47.39 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  50.72 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 206 aa  196  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  49.27 
 
 		 203 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  49.27 
 
 		 203 aa  195  3e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 203 aa  196  3e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 200 aa  195  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 206 aa  194  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 206 aa  194  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  48.82 
 
 		 206 aa  194  7e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 206 aa  194  7e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  48.31 
 
 		 205 aa  194  9e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  193  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 207 aa  192  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 205 aa  192  2e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 207 aa  192  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  47.8 
 
 		 203 aa  191  4e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 206 aa  192  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 207 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 207 aa  191  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  49.29 
 
 		 207 aa  191  6e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 207 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 207 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 208 aa  191  7e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  47.8 
 
 		 203 aa  190  1e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 207 aa  189  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  50.73 
 
 		 201 aa  189  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  48.29 
 
 		 203 aa  189  2e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 207 aa  189  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  189  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 203 aa  189  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 		 202 aa  189  2e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 203 aa  189  2.9999999999999997e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 207 aa  188  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 207 aa  188  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 200 aa  188  5e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 207 aa  188  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4520  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  188  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000540597  decreased coverage  0.000000609653 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0343  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  188  5.999999999999999e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0236416  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  187  7e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  45.28 
 
 		 209 aa  187  8e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 207 aa  187  8e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2302  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 207 aa  187  9e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 208 aa  187  9e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  48.58 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>