More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3137 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 201 aa  415  9.999999999999999e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  71.14 
 
 		 201 aa  315  3e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 201 aa  298  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  65.84 
 
 		 202 aa  286  1e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  63.68 
 
 		 201 aa  280  2e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  63.18 
 
 		 200 aa  277  9e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.68 
 
 		 200 aa  269  2e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  60.89 
 
 		 201 aa  265  4e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1641  ribosomal protein S4  61.39 
 
 		 201 aa  265  4e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  60.89 
 
 		 201 aa  263  1e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  60.4 
 
 		 201 aa  256  1e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1391  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.99 
 
 		 201 aa  210  1e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  51.24 
 
 		 200 aa  208  4e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  50.75 
 
 		 200 aa  208  5e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 203 aa  205  3e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  52.56 
 
 		 208 aa  205  4e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  49.25 
 
 		 200 aa  204  5e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 206 aa  202  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 203 aa  202  2e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  202  3e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 200 aa  202  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 200 aa  202  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 208 aa  202  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  49.25 
 
 		 200 aa  201  7e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  201  7e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 203 aa  201  7e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  47.37 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  47.29 
 
 		 203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  49.02 
 
 		 200 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 207 aa  196  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  47.76 
 
 		 200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  195  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 208 aa  194  6e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 208 aa  194  7e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 203 aa  194  9e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 203 aa  193  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 205 aa  193  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 202 aa  193  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  51.2 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 203 aa  192  3e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 206 aa  191  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  192  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 206 aa  191  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  191  6e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 201 aa  191  7e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  50.74 
 
 		 203 aa  191  7e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0456  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  191  8e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.189833  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0517  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  48.28 
 
 		 262 aa  190  1e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  47.34 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 207 aa  189  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 207 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  47.87 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  46.92 
 
 		 209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 206 aa  188  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 203 aa  188  4e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0077  ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 207 aa  188  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 201 aa  188  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  47.83 
 
 		 206 aa  188  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 205 aa  188  5e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 206 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 206 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  47.83 
 
 		 206 aa  187  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  187  9e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0300  30S ribosomal protein S4  45.05 
 
 		 203 aa  187  9e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 207 aa  187  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  186  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  48.31 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  47.83 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  47.26 
 
 		 203 aa  186  2e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  48.31 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>