More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1641 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1641  ribosomal protein S4  100 
 
 		 201 aa  410  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  63.86 
 
 		 202 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  58.71 
 
 		 201 aa  266  1e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  61.39 
 
 		 201 aa  265  4e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  61.88 
 
 		 201 aa  260  1e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  59.2 
 
 		 201 aa  255  3e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  59.41 
 
 		 201 aa  254  5e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  61.88 
 
 		 201 aa  254  5e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  57.71 
 
 		 201 aa  253  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  58.21 
 
 		 200 aa  246  1e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.9 
 
 		 200 aa  242  3e-63  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1391  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.99 
 
 		 201 aa  214  5.9999999999999996e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  197  7e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  48.29 
 
 		 203 aa  191  6e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 203 aa  191  7e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0517  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  190  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0456  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  190  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.189833  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  48.78 
 
 		 203 aa  188  4e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  187  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  48.53 
 
 		 203 aa  187  7e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  187  9e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 203 aa  187  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  47.55 
 
 		 203 aa  184  7e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  184  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  45.54 
 
 		 262 aa  184  7e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  48.53 
 
 		 203 aa  184  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  47.8 
 
 		 203 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 206 aa  182  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  47.76 
 
 		 200 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  181  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  47.09 
 
 		 205 aa  181  5.0000000000000004e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  181  6e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0445  SSU ribosomal protein S4P  48.56 
 
 		 206 aa  181  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.189793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  45.19 
 
 		 206 aa  181  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 206 aa  181  9.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  41.43 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  45.24 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2607  30S ribosomal protein S4  47.87 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  47.87 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3721  30S ribosomal protein S4  47.87 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.471129  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1949  30S ribosomal protein S4  47.87 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3503  30S ribosomal protein S4  47.87 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3144  30S ribosomal protein S4  47.87 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171557  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  43.27 
 
 		 207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 206 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3779  30S ribosomal protein S4  47.39 
 
 		 207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 207 aa  178  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 207 aa  178  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 207 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 208 aa  178  4.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 206 aa  178  5.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 213 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04497  30S ribosomal protein S4  46.41 
 
 		 208 aa  178  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.777393  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0779  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 209 aa  177  8e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0600575 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0077  ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 207 aa  177  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  177  9e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 203 aa  177  9e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 211 aa  177  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 207 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 206 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  43.87 
 
 		 208 aa  177  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  45.75 
 
 		 208 aa  177  1e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4520  30S ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000540597  decreased coverage  0.000000609653 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  45.75 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  45.67 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  44.71 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 208 aa  175  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2301  ribosomal protein S4  45.19 
 
 		 208 aa  176  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0792347  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 208 aa  175  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  47.12 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0482  SSU ribosomal protein S4P  46.15 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  44.71 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>