More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_05845 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 201 aa  414  9.999999999999999e-116  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  81.09 
 
 		 201 aa  348  2e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  79.1 
 
 		 201 aa  336  1.9999999999999998e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  64.36 
 
 		 202 aa  279  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  64.36 
 
 		 201 aa  277  8e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  63.86 
 
 		 201 aa  272  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  65.35 
 
 		 201 aa  271  5.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  60.4 
 
 		 201 aa  256  1e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1641  ribosomal protein S4  57.71 
 
 		 201 aa  253  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.89 
 
 		 200 aa  252  2.0000000000000002e-66  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  58.71 
 
 		 200 aa  247  8e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1391  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.92 
 
 		 201 aa  230  1e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  52.45 
 
 		 203 aa  212  2.9999999999999995e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  51.24 
 
 		 200 aa  210  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  51.47 
 
 		 203 aa  210  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  50.98 
 
 		 203 aa  209  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  51.74 
 
 		 200 aa  207  7e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 203 aa  207  1e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  51.47 
 
 		 203 aa  204  5e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 203 aa  202  3e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  199  1.9999999999999998e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  49.05 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 203 aa  198  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  199  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  50.96 
 
 		 206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  197  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  197  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  197  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0456  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.189833  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  196  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0779  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 209 aa  196  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0600575 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  47.55 
 
 		 203 aa  195  3e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  50.74 
 
 		 201 aa  194  7e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  50.74 
 
 		 201 aa  194  7e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  50.74 
 
 		 203 aa  194  7e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  50.74 
 
 		 201 aa  194  7e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  194  8.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0517  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 208 aa  194  9e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  51.23 
 
 		 201 aa  193  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04497  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.777393  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  51.72 
 
 		 202 aa  191  7e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  191  8e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  45.71 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2301  ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0792347  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  49.25 
 
 		 200 aa  190  2e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  50.48 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 207 aa  188  5e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2607  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3503  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3144  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171557  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3721  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.471129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  47.89 
 
 		 207 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  187  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1949  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 209 aa  187  7e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  187  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  48.06 
 
 		 206 aa  187  8e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3779  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 207 aa  187  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 207 aa  186  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  186  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 208 aa  186  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  49.53 
 
 		 207 aa  185  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 208 aa  185  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 206 aa  185  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 207 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>