154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4646 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4646  cyclase family protein  100 
 
 		 260 aa  532  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2038  putative cyclase  64.06 
 
 		 260 aa  360  2e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.17281  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5611  putative cyclase  64.23 
 
 		 268 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5975  cyclase family protein  64.23 
 
 		 268 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00514235  decreased coverage  0.000132794 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7460  putative cyclase  62.31 
 
 		 275 aa  348  5e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.625222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0387  cyclase family protein  61.92 
 
 		 268 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.325304 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0101  cyclase family protein  61.92 
 
 		 268 aa  341  5.999999999999999e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3414  cyclase family protein  60.7 
 
 		 262 aa  338  4e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3207  cyclase, putative  63.14 
 
 		 260 aa  331  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0417  cyclase family protein  61.63 
 
 		 260 aa  331  8e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.421227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1793  putative cyclase  60.38 
 
 		 267 aa  330  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.675258  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1225  putative cyclase  62.5 
 
 		 262 aa  330  1e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5979  putative cyclase  60.16 
 
 		 258 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1005  cyclase family protein  60.38 
 
 		 266 aa  328  8e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.70726 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0716  putative cyclase  61.48 
 
 		 259 aa  323  1e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0480  putative cyclase  59.53 
 
 		 261 aa  321  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3149  cyclase family protein  59.92 
 
 		 259 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.568603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0855  putative cyclase  58.66 
 
 		 262 aa  319  3e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.848747  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2398  cyclase family protein  59.61 
 
 		 263 aa  314  7e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.815528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4826  cyclase family protein  57.95 
 
 		 271 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.594679 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5495  cyclase  56.08 
 
 		 258 aa  300  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.245157  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1541  cyclase family protein  48.83 
 
 		 253 aa  232  6e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.711446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2300  cyclase family protein  48.83 
 
 		 253 aa  231  6e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.408163 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2548  cyclase family protein  45.88 
 
 		 253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2245  putative cyclase  45.49 
 
 		 262 aa  215  7e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2646  putative cyclase  45.24 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1543  cyclase family protein  44.96 
 
 		 255 aa  202  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.46134 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1641  cyclase family protein  42.35 
 
 		 254 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1493  cyclase family protein  40.54 
 
 		 283 aa  186  4e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.778489  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3459  cyclase family protein  37.84 
 
 		 287 aa  172  5e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4390  putative cyclase  43.9 
 
 		 236 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2361  cyclase family protein  38.13 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0286338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4064  cyclase family protein  31.91 
 
 		 231 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3771  cyclase family protein  31.15 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.465631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3370  cyclase family protein  30.77 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.380631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1863  cyclase family protein  26.77 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.171593  normal  0.0594978 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1205  cyclase family protein  25.19 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0956  cyclase family protein  24.23 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1663  cyclase family protein  29.56 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.673184  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3365  cyclase family protein  31.47 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0151561  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2320  putative cyclase  25.63 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000000962152  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3915  cyclase family protein  25.86 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.229122  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1936  hypothetical protein  29.27 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1870  putative cyclase  27.24 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0124068  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0346  hypothetical protein  25.23 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2083  hypothetical protein  29 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0361  hypothetical protein  25.23 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0408  putative cyclase  25.22 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4910  putative cyclase  24.34 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0395  putative cyclase  25.23 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0329  cyclase  25.23 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0332  cyclase  25.23 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0456  putative cyclase  25.23 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1761  cyclase family protein  23.5 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0461  hypothetical protein  25.23 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3555  cyclase family protein  25.23 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1077  cyclase family protein  31.61 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.323976  normal  0.0992095 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11731  hypothetical protein  31.33 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000634695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3621  cyclase family protein  23.92 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2854  cyclase family protein  26.24 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2218  cyclase family protein  26 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2407  putative cyclase  30.23 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0264873  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5058  cyclase family protein  28.66 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.281204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1259  cyclase family protein  24.76 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.240385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2003  cyclase family protein  28.43 
 
 		 222 aa  58.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.134376  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1310  cyclase family protein  25.37 
 
 		 216 aa  58.5  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.308551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2733  cyclase family protein  29.72 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.146195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0341  cyclase family protein  24.35 
 
 		 210 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1973  cyclase family protein  31.58 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.720532  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1005  cyclase family protein  28.57 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.319318  normal  0.15577 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13480  cyclase family protein  27.04 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0322742  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2761  cyclase family protein  25.95 
 
 		 216 aa  57  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1498  cyclase family protein  28.32 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.730756  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5006  cyclase family protein  24.52 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2444  cyclase family protein  28.85 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0042  putative cyclase  29.9 
 
 		 226 aa  54.7  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.836357 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0613  cyclase family protein  26.4 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4034  putative cyclase  25.48 
 
 		 377 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2042  cyclase family protein  30.53 
 
 		 210 aa  54.3  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0111986 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0257  cyclase family protein  24.09 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4050  cyclase family protein  28.36 
 
 		 275 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0384767 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2496  arylformamidase  28.21 
 
 		 213 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605648  normal  0.755964 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1367  cyclase family protein  27.59 
 
 		 213 aa  53.1  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0951074 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3853  cyclase family protein  35.11 
 
 		 193 aa  53.1  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00415586  normal  0.0437489 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0973  cyclase family protein  30.73 
 
 		 208 aa  52.4  0.000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0579739 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1966  putative cyclase  27.18 
 
 		 213 aa  52  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0789774  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2577  cyclase family protein  27.18 
 
 		 213 aa  52  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0760  hypothetical protein  28.5 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.316703 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0925  cyclase family protein  22.01 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1868  cyclase family protein  29.1 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00308105  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2625  cyclase family protein  27.69 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.452605  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1211  cyclase family protein  27.86 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3349  cyclase, putative  24.5 
 
 		 227 aa  50.8  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.471747  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1722  hypothetical protein  29.9 
 
 		 201 aa  50.8  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.990715  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0103  cyclase family protein  25.45 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2674  cyclase family protein  28.1 
 
 		 270 aa  50.8  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.962186  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0675  cyclase, putative  24.37 
 
 		 208 aa  50.1  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0249  hypothetical protein  25.65 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3004  cyclase family protein  29.06 
 
 		 237 aa  50.4  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0209001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0130  cyclase family protein  30.94 
 
 		 216 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>