127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3207 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3207  cyclase, putative  100 
 
 		 260 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0855  putative cyclase  85.38 
 
 		 262 aa  463  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.848747  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2398  cyclase family protein  72.73 
 
 		 263 aa  388  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.815528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4826  cyclase family protein  64.86 
 
 		 271 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.594679 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3414  cyclase family protein  63.92 
 
 		 262 aa  353  2e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0101  cyclase family protein  63.32 
 
 		 268 aa  348  4e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2038  putative cyclase  63.53 
 
 		 260 aa  347  9e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.17281  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5979  putative cyclase  63.92 
 
 		 258 aa  345  5e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0716  putative cyclase  63.81 
 
 		 259 aa  343  2e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0417  cyclase family protein  63.57 
 
 		 260 aa  342  4e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.421227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0387  cyclase family protein  61 
 
 		 268 aa  340  1e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.325304 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7460  putative cyclase  60.77 
 
 		 275 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.625222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4646  cyclase family protein  63.14 
 
 		 260 aa  331  6e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5611  putative cyclase  60.38 
 
 		 268 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5975  cyclase family protein  60.38 
 
 		 268 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00514235  decreased coverage  0.000132794 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1793  putative cyclase  59.46 
 
 		 267 aa  323  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.675258  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1005  cyclase family protein  58.85 
 
 		 266 aa  323  2e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.70726 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3149  cyclase family protein  59.77 
 
 		 259 aa  323  3e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.568603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1225  putative cyclase  60.23 
 
 		 262 aa  317  7.999999999999999e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5495  cyclase  56.92 
 
 		 258 aa  308  8e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.245157  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0480  putative cyclase  54.51 
 
 		 261 aa  293  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2548  cyclase family protein  47.06 
 
 		 253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1541  cyclase family protein  47.06 
 
 		 253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.711446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2300  cyclase family protein  46.67 
 
 		 253 aa  214  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.408163 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2245  putative cyclase  45.38 
 
 		 262 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1493  cyclase family protein  44.19 
 
 		 283 aa  207  1e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.778489  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3459  cyclase family protein  41.51 
 
 		 287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2646  putative cyclase  43.65 
 
 		 270 aa  198  9e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1543  cyclase family protein  42.97 
 
 		 255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.46134 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1641  cyclase family protein  40.39 
 
 		 254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2361  cyclase family protein  40 
 
 		 253 aa  174  9e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0286338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4390  putative cyclase  38.42 
 
 		 236 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3370  cyclase family protein  27.03 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.380631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3771  cyclase family protein  27.41 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.465631 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2083  hypothetical protein  31.16 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0456  putative cyclase  26.41 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0461  hypothetical protein  26.41 
 
 		 210 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1663  cyclase family protein  29.76 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.673184  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0346  hypothetical protein  25.97 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0329  cyclase  25.97 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0332  cyclase  25.97 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0361  hypothetical protein  25.97 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4910  putative cyclase  25.11 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0395  putative cyclase  25.97 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0956  cyclase family protein  24.62 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3555  cyclase family protein  28.57 
 
 		 226 aa  62  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2218  cyclase family protein  28 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0408  putative cyclase  25.54 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1863  cyclase family protein  26.74 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.171593  normal  0.0594978 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3915  cyclase family protein  29.41 
 
 		 249 aa  60.8  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.229122  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4064  cyclase family protein  27.27 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0341  cyclase family protein  25.54 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5006  cyclase family protein  26.42 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3621  cyclase family protein  27.59 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1761  cyclase family protein  22.89 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4050  cyclase family protein  29.7 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0384767 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1870  putative cyclase  28.08 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0124068  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13480  cyclase family protein  27.59 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0322742  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0042  putative cyclase  30.05 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.836357 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2761  cyclase family protein  25 
 
 		 216 aa  55.1  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1211  cyclase family protein  29.21 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2377  cyclase family protein  28.76 
 
 		 335 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.359406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2320  putative cyclase  26.91 
 
 		 291 aa  53.9  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000000962152  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2042  cyclase family protein  30.67 
 
 		 210 aa  53.9  0.000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0111986 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1077  cyclase family protein  29 
 
 		 210 aa  53.5  0.000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.323976  normal  0.0992095 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5193  cyclase family protein  25.78 
 
 		 295 aa  53.1  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.98741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2407  putative cyclase  28.76 
 
 		 267 aa  52.8  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0264873  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1259  cyclase family protein  25.68 
 
 		 215 aa  52.4  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.240385  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0760  hypothetical protein  29.56 
 
 		 209 aa  52.4  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.316703 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3365  cyclase family protein  29.74 
 
 		 216 aa  52.4  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0151561  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2854  cyclase family protein  24.54 
 
 		 213 aa  52  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4071  cyclase family protein  35.16 
 
 		 207 aa  52  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.65145  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11731  hypothetical protein  27.56 
 
 		 276 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000634695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1337  putative cyclase  27.65 
 
 		 258 aa  50.4  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1498  cyclase family protein  25.74 
 
 		 270 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.730756  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1310  cyclase family protein  22.31 
 
 		 216 aa  51.2  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.308551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0403  hypothetical protein  26.64 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0413  hypothetical protein  26.64 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.931168  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0573  cyclase family protein  25.3 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0489129  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4339  cyclase family protein  28.78 
 
 		 217 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0530585  decreased coverage  0.000845413 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1868  cyclase family protein  28.72 
 
 		 215 aa  50.4  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00308105  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0776  arylformamidase  27.59 
 
 		 209 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0200233  normal  0.24854 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0174  cyclase family protein  28.12 
 
 		 237 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1205  cyclase family protein  23.47 
 
 		 210 aa  49.7  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2003  cyclase family protein  24.29 
 
 		 222 aa  49.7  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.134376  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5058  cyclase family protein  25.9 
 
 		 290 aa  48.9  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.281204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1973  cyclase family protein  28.24 
 
 		 280 aa  48.1  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.720532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3501  putative cyclase  26.01 
 
 		 329 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2674  cyclase family protein  25.83 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.962186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3206  arylformamidase  27.31 
 
 		 213 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0130  cyclase family protein  31.34 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0103  cyclase family protein  29.6 
 
 		 211 aa  48.1  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0613  cyclase family protein  26.15 
 
 		 209 aa  47.8  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1971  cyclase family protein  26.73 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.674736 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1005  cyclase family protein  30.61 
 
 		 214 aa  47  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.319318  normal  0.15577 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37590  kynurenine formamidase, KynB  27.31 
 
 		 213 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0383  cyclase family protein  25.89 
 
 		 205 aa  46.6  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.777945  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5044  cyclase family protein  27.27 
 
 		 219 aa  46.6  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.250627  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0142  cyclase family protein  23.37 
 
 		 214 aa  46.6  0.0004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000000000166569 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1367  cyclase family protein  27.64 
 
 		 213 aa  46.2  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0951074 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>