More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4131 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
349 aa  680    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  61.08 
 
 
328 aa  358  5e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  61.68 
 
 
347 aa  356  2.9999999999999997e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  59.23 
 
 
333 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  55.02 
 
 
354 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.83 
 
 
338 aa  299  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  52.79 
 
 
356 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  51.2 
 
 
349 aa  294  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  50.45 
 
 
333 aa  292  7e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  51.21 
 
 
356 aa  290  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  54.78 
 
 
341 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  55.41 
 
 
337 aa  289  6e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  49.85 
 
 
333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.46 
 
 
333 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  59.24 
 
 
326 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  59.24 
 
 
326 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  57.32 
 
 
326 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.12 
 
 
315 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  56.01 
 
 
353 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  56.85 
 
 
349 aa  277  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  55.14 
 
 
354 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  45.58 
 
 
320 aa  268  1e-70  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  46.77 
 
 
333 aa  267  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  52.7 
 
 
358 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  51.42 
 
 
317 aa  264  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.75 
 
 
327 aa  264  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.17 
 
 
349 aa  261  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  51.26 
 
 
350 aa  261  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  50.67 
 
 
332 aa  259  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.85 
 
 
353 aa  259  4e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.24 
 
 
357 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.92 
 
 
332 aa  257  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  53.77 
 
 
341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  41.08 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.95 
 
 
342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.98 
 
 
351 aa  253  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  50.79 
 
 
342 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  42.22 
 
 
331 aa  252  7e-66  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.67 
 
 
317 aa  251  2e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.99 
 
 
332 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  48.16 
 
 
353 aa  241  9e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.79 
 
 
342 aa  238  8e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  42.9 
 
 
357 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.14 
 
 
337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.9 
 
 
381 aa  233  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  46.42 
 
 
350 aa  232  6e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  48.68 
 
 
346 aa  232  6e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  44.35 
 
 
354 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  44.82 
 
 
355 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  44.82 
 
 
355 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  43.02 
 
 
355 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  43.48 
 
 
355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.48 
 
 
355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  43.48 
 
 
355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.52 
 
 
331 aa  229  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.82 
 
 
355 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.41 
 
 
337 aa  228  1e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  46.58 
 
 
336 aa  228  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.5 
 
 
349 aa  227  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.17 
 
 
346 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.42 
 
 
356 aa  226  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.34 
 
 
343 aa  226  6e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.93 
 
 
355 aa  225  8e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.93 
 
 
355 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.92 
 
 
354 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  49.48 
 
 
345 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  43.92 
 
 
354 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  43.92 
 
 
354 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.92 
 
 
354 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  42.3 
 
 
336 aa  224  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.92 
 
 
354 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.92 
 
 
354 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  43.4 
 
 
356 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.87 
 
 
352 aa  223  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.15 
 
 
362 aa  222  7e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  44.11 
 
 
332 aa  222  8e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  43.15 
 
 
319 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  42.22 
 
 
327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  44.52 
 
 
338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.96 
 
 
352 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.67 
 
 
354 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.67 
 
 
333 aa  219  7e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.3 
 
 
332 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.62 
 
 
338 aa  217  2e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 
343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  46.89 
 
 
335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.75 
 
 
343 aa  216  4e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42.04 
 
 
332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.13 
 
 
353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.04 
 
 
332 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  46.1 
 
 
356 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  45.73 
 
 
327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  41.36 
 
 
338 aa  213  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.79 
 
 
353 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.96 
 
 
350 aa  212  7e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.28 
 
 
321 aa  212  7.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.81 
 
 
321 aa  212  9e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.81 
 
 
321 aa  212  9e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.81 
 
 
321 aa  212  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.81 
 
 
321 aa  212  9e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>