More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2385 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  100 
 
 		 272 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  69.81 
 
 		 275 aa  395  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  53.57 
 
 		 280 aa  312  4.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  44.32 
 
 		 275 aa  237  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  42.45 
 
 		 273 aa  232  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  44.28 
 
 		 266 aa  228  6e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 265 aa  224  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  43.17 
 
 		 268 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  42.07 
 
 		 265 aa  216  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  40.59 
 
 		 268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 276 aa  199  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  35.19 
 
 		 268 aa  188  9e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 276 aa  185  5e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 258 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.67 
 
 		 266 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 253 aa  172  5e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34.94 
 
 		 255 aa  169  4e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 254 aa  168  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  37.96 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  35.96 
 
 		 260 aa  165  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.21 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  33.33 
 
 		 242 aa  155  6e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 262 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.43 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  34.07 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.97 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  34.36 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  33.21 
 
 		 255 aa  153  4e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.08 
 
 		 246 aa  151  8.999999999999999e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  31.87 
 
 		 246 aa  149  6e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.34 
 
 		 245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.34 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  33.46 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  32.6 
 
 		 263 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  32.6 
 
 		 263 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 240 aa  142  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.84 
 
 		 242 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.23 
 
 		 260 aa  141  9e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  32.96 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 255 aa  138  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.21 
 
 		 244 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.66 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  32.59 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.26 
 
 		 260 aa  136  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.03 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.26 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.29 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.29 
 
 		 251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  30.6 
 
 		 246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.5 
 
 		 265 aa  133  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 273 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  30.22 
 
 		 246 aa  132  5e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.21 
 
 		 240 aa  132  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.37 
 
 		 245 aa  132  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  31.11 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  33.96 
 
 		 251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  29.1 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.38 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  32.05 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  30.4 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  34.06 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  32.62 
 
 		 273 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.22 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.14 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  30.22 
 
 		 246 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2035  response regulator receiver protein  32.01 
 
 		 282 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.32 
 
 		 238 aa  128  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.32 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.88 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.32 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  30.69 
 
 		 276 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  29.85 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.15 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  28.36 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2883  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.23 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000903631  unclonable  0.0000000000401288 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.45 
 
 		 251 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  34.35 
 
 		 259 aa  127  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  29.8 
 
 		 262 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.48 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.48 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.48 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.49 
 
 		 253 aa  126  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.48 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.37 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.37 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.37 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>