More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3621 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  69.57 
 
 
472 aa  640    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  100 
 
 
477 aa  968    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  95.39 
 
 
477 aa  912    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  71.09 
 
 
472 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  74.26 
 
 
480 aa  684    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  69.57 
 
 
472 aa  641    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  70.43 
 
 
472 aa  652    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.86 
 
 
493 aa  530  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  56.7 
 
 
508 aa  523  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.4 
 
 
499 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.75 
 
 
499 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.1 
 
 
499 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  56.26 
 
 
510 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.44 
 
 
502 aa  500  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.09 
 
 
498 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.87 
 
 
498 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  49.01 
 
 
496 aa  442  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.58 
 
 
517 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.28 
 
 
486 aa  375  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.43 
 
 
466 aa  331  2e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.45 
 
 
483 aa  328  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.83 
 
 
493 aa  325  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.86 
 
 
480 aa  312  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  41.32 
 
 
477 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.67 
 
 
473 aa  272  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.55 
 
 
473 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.47 
 
 
478 aa  233  8.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.15 
 
 
497 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.15 
 
 
497 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.15 
 
 
467 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35 
 
 
465 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.2 
 
 
497 aa  229  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  34.44 
 
 
465 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  34.85 
 
 
473 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.99 
 
 
471 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.99 
 
 
471 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.99 
 
 
471 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.62 
 
 
472 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.2 
 
 
471 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.98 
 
 
462 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  32.98 
 
 
472 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  32.85 
 
 
472 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  34.92 
 
 
470 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
484 aa  201  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  30.18 
 
 
512 aa  196  8.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  34.11 
 
 
499 aa  193  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.33 
 
 
482 aa  192  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  31.91 
 
 
503 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  26.9 
 
 
479 aa  189  7e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  26.9 
 
 
489 aa  189  8e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.85 
 
 
520 aa  188  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.96 
 
 
486 aa  186  6e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.87 
 
 
494 aa  186  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.74 
 
 
473 aa  186  7e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.94 
 
 
483 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.14 
 
 
502 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.7 
 
 
514 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.4 
 
 
483 aa  183  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.92 
 
 
525 aa  182  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.07 
 
 
485 aa  180  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.95 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.35 
 
 
512 aa  179  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.76 
 
 
493 aa  178  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  28.66 
 
 
479 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.11 
 
 
483 aa  178  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.72 
 
 
512 aa  177  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.4 
 
 
504 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.21 
 
 
497 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.84 
 
 
495 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.31 
 
 
484 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  28.69 
 
 
479 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.61 
 
 
529 aa  173  5e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.57 
 
 
495 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.31 
 
 
484 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  28.39 
 
 
483 aa  173  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.05 
 
 
488 aa  173  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.02 
 
 
495 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  35.93 
 
 
482 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.92 
 
 
509 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.78 
 
 
493 aa  170  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.51 
 
 
512 aa  170  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.81 
 
 
501 aa  170  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.49 
 
 
513 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  29 
 
 
479 aa  168  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.88 
 
 
489 aa  167  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.54 
 
 
482 aa  166  8e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.12 
 
 
475 aa  166  9e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  28.6 
 
 
547 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.54 
 
 
504 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.22 
 
 
485 aa  163  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.42 
 
 
504 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  30.54 
 
 
491 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  31.42 
 
 
480 aa  161  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.96 
 
 
495 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.82 
 
 
490 aa  160  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.04 
 
 
511 aa  160  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.18 
 
 
480 aa  159  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.07 
 
 
517 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.45 
 
 
472 aa  159  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.14 
 
 
503 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>