294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1359 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1359  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 370 aa  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1168  inner-membrane translocator  92.97 
 
 		 369 aa  635    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.748447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1369  ABC transporter, inner membrane subunit  64.79 
 
 		 371 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.30886  normal  0.0719579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5242  inner-membrane translocator  64.51 
 
 		 371 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4475  inner-membrane translocator  59.34 
 
 		 375 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.973671 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6456  inner-membrane translocator  59.94 
 
 		 375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.425632  normal  0.0359026 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5657  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  60.24 
 
 		 392 aa  350  3e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.348277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  57.99 
 
 		 369 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0271  inner-membrane translocator  57.86 
 
 		 353 aa  305  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0872978  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1116  inner-membrane translocator  55.81 
 
 		 382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0768  ABC transporter permease protein  57.45 
 
 		 365 aa  295  7e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.868175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0837  inner-membrane translocator  58.51 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0852  inner-membrane translocator  49.71 
 
 		 362 aa  263  4.999999999999999e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1702  inner-membrane translocator  57.62 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.122598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2021  inner-membrane translocator  57.62 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3025  inner-membrane translocator  55.56 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 373 aa  181  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 364 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 355 aa  168  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  39.37 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  38.05 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.73 
 
 		 355 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 354 aa  157  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  29.68 
 
 		 359 aa  155  9e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  36.04 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  30.3 
 
 		 357 aa  149  6e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  30.91 
 
 		 367 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 347 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.1 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  33.81 
 
 		 366 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 364 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 368 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 364 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 369 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 361 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  33.67 
 
 		 369 aa  138  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 349 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 363 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.94 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 355 aa  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 369 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  32.46 
 
 		 349 aa  136  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 		 360 aa  136  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 351 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  30.99 
 
 		 347 aa  136  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  29.56 
 
 		 361 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  31.5 
 
 		 358 aa  135  9e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 344 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 352 aa  134  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  34.33 
 
 		 365 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  33.94 
 
 		 387 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  32.21 
 
 		 360 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  32.67 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.96 
 
 		 471 aa  130  4.0000000000000003e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  32.66 
 
 		 362 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  29.24 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  30.05 
 
 		 361 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  29.04 
 
 		 366 aa  126  5e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 365 aa  126  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 349 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  33.95 
 
 		 363 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  27.95 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  28.86 
 
 		 442 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  32.59 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  34.33 
 
 		 365 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 383 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 362 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 349 aa  122  8e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 349 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 364 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  32.5 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 454 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  29.8 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  26.35 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 361 aa  120  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  28.71 
 
 		 371 aa  119  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2657  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.142958  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4849  inner-membrane translocator  34.22 
 
 		 383 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 368 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  30.14 
 
 		 368 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  28.98 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  29.59 
 
 		 362 aa  117  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3628  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>