More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2355 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  611  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  95 
 
 		 300 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  74.16 
 
 		 298 aa  458  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  68.58 
 
 		 298 aa  435  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.06 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 295 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  37 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  33.11 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 340 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  34.63 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  30.07 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  30.83 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  30.56 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 314 aa  109  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 322 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 311 aa  102  8e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 308 aa  98.2  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 315 aa  92.4  7e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 317 aa  90.9  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2176  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 316 aa  89.4  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1243  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.0485343 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 316 aa  89  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 268 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  39.31 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 316 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2473  LysR, substrate-binding  24.41 
 
 		 345 aa  86.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.35717 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  28 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.83 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 314 aa  85.5  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>