172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3956 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  100 
 
 		 171 aa  348  3e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  88.31 
 
 		 172 aa  282  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  75.17 
 
 		 158 aa  231  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  54.36 
 
 		 176 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  42.54 
 
 		 227 aa  135  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  49.68 
 
 		 166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  44.44 
 
 		 227 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  45.7 
 
 		 227 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  46.88 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  45.83 
 
 		 534 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  49.25 
 
 		 212 aa  120  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  41.83 
 
 		 211 aa  120  7e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  45.93 
 
 		 214 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  40.15 
 
 		 358 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  47.69 
 
 		 226 aa  104  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  46.92 
 
 		 214 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  39.47 
 
 		 167 aa  102  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  37.66 
 
 		 241 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  41.33 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  37.5 
 
 		 242 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  37.09 
 
 		 221 aa  98.6  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  37.5 
 
 		 242 aa  98.2  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  44.09 
 
 		 158 aa  98.2  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  39.57 
 
 		 243 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  37.96 
 
 		 241 aa  95.1  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  37.68 
 
 		 189 aa  92.8  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  37.68 
 
 		 189 aa  92.8  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  35.26 
 
 		 220 aa  92.4  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  38.46 
 
 		 195 aa  90.5  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  39.72 
 
 		 208 aa  89  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  35.14 
 
 		 171 aa  89  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  36.59 
 
 		 168 aa  82.8  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  33.54 
 
 		 206 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  31.03 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  30.94 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  36.3 
 
 		 246 aa  81.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  41.51 
 
 		 163 aa  80.9  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  34.35 
 
 		 177 aa  77.8  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  34.35 
 
 		 177 aa  77.8  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  32.69 
 
 		 177 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  32.9 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  34.81 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  31.34 
 
 		 192 aa  74.3  0.0000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  31.97 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  36.72 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  34.56 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  42.24 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  32.35 
 
 		 153 aa  73.2  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  37.5 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  31.54 
 
 		 249 aa  71.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  30.86 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  33.74 
 
 		 186 aa  70.9  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  31.68 
 
 		 164 aa  70.1  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  35.57 
 
 		 171 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  28.83 
 
 		 175 aa  69.3  0.00000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  28.83 
 
 		 175 aa  68.9  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  29.45 
 
 		 175 aa  69.3  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  33.59 
 
 		 246 aa  68.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  31.43 
 
 		 156 aa  68.2  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  30.14 
 
 		 179 aa  67.8  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  39.19 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  35.04 
 
 		 238 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  36.72 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  31.58 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  31.03 
 
 		 171 aa  65.1  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  28.35 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5258  nuclease  31.76 
 
 		 170 aa  62.8  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.486577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  29.87 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  32.33 
 
 		 153 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  37.25 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  35.45 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  36.73 
 
 		 263 aa  62  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  32.33 
 
 		 153 aa  62  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  33.55 
 
 		 175 aa  62  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  28.99 
 
 		 175 aa  62  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  28.31 
 
 		 199 aa  62  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  36.5 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  30 
 
 		 227 aa  61.2  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  31.87 
 
 		 216 aa  60.8  0.000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  31.29 
 
 		 232 aa  60.8  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1653  hypothetical protein  31.69 
 
 		 170 aa  60.1  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164251  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2377  SNase-like nuclease  33.33 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0106322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0952  nuclease (SNase-like)  33.33 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0873  nuclease (SNase-like)  33.81 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3683  nuclease  30.19 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2340  nuclease (SNase domain protein)  30.82 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1218  micrococcal nuclease  36.13 
 
 		 284 aa  57.8  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340298  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  31.45 
 
 		 191 aa  57.8  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  31.48 
 
 		 205 aa  57.8  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25810  nuclease  33.8 
 
 		 169 aa  57.4  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823432  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3090  nuclease (SNase-like)  39.78 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906098  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  30.97 
 
 		 161 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  28.82 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  29.37 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  33.57 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  28.07 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  33.86 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  29.19 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4568  nuclease  32.91 
 
 		 229 aa  55.1  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.313094  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0447  nuclease (SNase-like)  28.86 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0276095  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>