84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4116 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4116  nuclease  100 
 
 		 209 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  93.84 
 
 		 211 aa  314  6e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  81.69 
 
 		 208 aa  302  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  51.53 
 
 		 167 aa  139  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  47.96 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  46.67 
 
 		 177 aa  121  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  42.86 
 
 		 177 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  42.86 
 
 		 177 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  48.51 
 
 		 227 aa  118  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  46.45 
 
 		 227 aa  115  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  45.45 
 
 		 227 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  40 
 
 		 242 aa  99.4  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  39.52 
 
 		 534 aa  99  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  38.93 
 
 		 242 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  44.62 
 
 		 226 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  43.85 
 
 		 214 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  39.1 
 
 		 212 aa  90.1  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  37.58 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  37.86 
 
 		 358 aa  88.6  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  41.22 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  34.29 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  41.35 
 
 		 214 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  33.57 
 
 		 241 aa  81.3  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  36.36 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  40.12 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  36.97 
 
 		 185 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  38.41 
 
 		 161 aa  79  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  37.5 
 
 		 172 aa  78.2  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  37.4 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  34.94 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  37.06 
 
 		 171 aa  75.9  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  27.65 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  37.4 
 
 		 189 aa  72  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  37.88 
 
 		 249 aa  72  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  37.4 
 
 		 189 aa  72  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  34.36 
 
 		 158 aa  70.9  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  36.36 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  40.94 
 
 		 163 aa  68.2  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  32.37 
 
 		 171 aa  65.5  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  29.38 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  35.97 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  37.11 
 
 		 158 aa  62.4  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  35 
 
 		 263 aa  62  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  34.09 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  24.2 
 
 		 175 aa  60.5  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  24.84 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  33.33 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  24.2 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  35.17 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  32.3 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  31.76 
 
 		 179 aa  57.4  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  32.85 
 
 		 246 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  36.3 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  31.45 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0217  hypothetical protein  33.94 
 
 		 236 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530241  normal  0.176582 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  31.87 
 
 		 168 aa  53.9  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  25.73 
 
 		 174 aa  53.9  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4029  hypothetical protein  33.03 
 
 		 329 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4939  hypothetical protein  31.25 
 
 		 407 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0742  putative lipoprotein  31.19 
 
 		 319 aa  52.8  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0791  hypothetical protein  31.19 
 
 		 319 aa  52.4  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4353  hypothetical protein  34.21 
 
 		 199 aa  51.6  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  32.09 
 
 		 186 aa  51.6  0.000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3714  nuclease (SNase-like)  33.61 
 
 		 156 aa  51.6  0.000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.551485 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1653  hypothetical protein  31.75 
 
 		 170 aa  50.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164251  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0188  hypothetical protein  31.19 
 
 		 238 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2554  hypothetical protein  31.45 
 
 		 407 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.315018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  36.84 
 
 		 192 aa  48.9  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4113  hypothetical protein  30 
 
 		 423 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.226985 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  30.77 
 
 		 148 aa  46.6  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  27.91 
 
 		 192 aa  46.6  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  34.48 
 
 		 814 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  34.68 
 
 		 169 aa  45.1  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1080  putative nuclease  32.75 
 
 		 168 aa  45.1  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4568  nuclease  31.29 
 
 		 229 aa  45.1  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.313094  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  29.89 
 
 		 187 aa  45.1  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  34.93 
 
 		 175 aa  45.1  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9827  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  30.48 
 
 		 234 aa  44.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  34.58 
 
 		 169 aa  44.7  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1848  hypothetical protein  28.91 
 
 		 436 aa  43.5  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333329  normal  0.515923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1569  hypothetical protein  28.91 
 
 		 436 aa  43.5  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.39928  normal  0.0673531 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6410  succinoglycan biosynthesis protein ExoI-like protein  31.47 
 
 		 178 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  30.71 
 
 		 158 aa  42.4  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0382  nuclease  33.33 
 
 		 256 aa  41.6  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>