168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0111 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0111  nuclease  100 
 
 		 227 aa  463  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  97.36 
 
 		 227 aa  453  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  88.84 
 
 		 227 aa  410  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  52.94 
 
 		 167 aa  156  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  50 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  38.43 
 
 		 226 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  39.91 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  37.08 
 
 		 241 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  41.94 
 
 		 214 aa  145  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  39.45 
 
 		 241 aa  144  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  42.65 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  39.91 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  38.26 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  42.16 
 
 		 214 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  37.26 
 
 		 358 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  49.31 
 
 		 161 aa  136  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  42.54 
 
 		 171 aa  135  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  43.45 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  46.75 
 
 		 166 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  44.97 
 
 		 172 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  45.14 
 
 		 534 aa  126  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  45.71 
 
 		 208 aa  122  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  45.21 
 
 		 177 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  46.21 
 
 		 177 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  47.18 
 
 		 176 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  46.21 
 
 		 177 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  42.28 
 
 		 158 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  40.13 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  43.24 
 
 		 189 aa  105  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  43.24 
 
 		 189 aa  105  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  47.24 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  40.91 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  47.24 
 
 		 209 aa  102  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  42.67 
 
 		 202 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  38.85 
 
 		 184 aa  99  5e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  46.62 
 
 		 163 aa  98.2  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  47.47 
 
 		 158 aa  93.6  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15970  micrococcal nuclease-like nuclease  35.11 
 
 		 388 aa  93.2  3e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.339667  normal  0.0582928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  42.96 
 
 		 192 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  45.97 
 
 		 185 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  34.56 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  35.4 
 
 		 195 aa  89  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  34.41 
 
 		 250 aa  89  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  42.96 
 
 		 186 aa  87.8  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  38.31 
 
 		 158 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  36.63 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  31.71 
 
 		 174 aa  82.8  0.000000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  32.73 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  32.91 
 
 		 148 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  32.55 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  31.15 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  34.53 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  42.18 
 
 		 192 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  32.69 
 
 		 168 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  37.42 
 
 		 171 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  32.62 
 
 		 175 aa  71.6  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  29.61 
 
 		 175 aa  71.2  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0394  hypothetical protein  46.59 
 
 		 199 aa  70.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  28.95 
 
 		 175 aa  70.5  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  28.95 
 
 		 175 aa  69.7  0.00000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  37.25 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  30.84 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  29.38 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  34.27 
 
 		 183 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  32.16 
 
 		 175 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  31.98 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  31.93 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4353  hypothetical protein  35.14 
 
 		 199 aa  66.2  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  30.57 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1898  hypothetical protein  58.49 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0131013  normal  0.0107915 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  39.17 
 
 		 153 aa  65.5  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  33.54 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  33.74 
 
 		 169 aa  63.9  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  32.3 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5258  nuclease  33.74 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.486577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  34.38 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  33.11 
 
 		 169 aa  61.6  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  31.71 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2515  nuclease (SNase domain protein)  33.14 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.893874 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  33.61 
 
 		 131 aa  60.8  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6887  hypothetical protein  63.27 
 
 		 110 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3662  nuclease (SNase domain protein)  37.93 
 
 		 175 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808999  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1627  nuclease (SNase domain protein)  31.14 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.839518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  40.17 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  30.22 
 
 		 153 aa  60.1  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  28.02 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  28.72 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  30.19 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  30.72 
 
 		 164 aa  58.9  0.00000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  35.71 
 
 		 162 aa  57.8  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  30.91 
 
 		 153 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0193  nuclease  33.81 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  30.26 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  30.69 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  35.9 
 
 		 136 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5111  hypothetical protein  48.33 
 
 		 89 aa  56.6  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0927764  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2245  nuclease (SNase domain protein)  34.25 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.184004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  34.88 
 
 		 171 aa  56.2  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  30.87 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  31.43 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>