56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5258 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5258  nuclease  100 
 
 		 170 aa  338  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.486577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  33.57 
 
 		 220 aa  67.8  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  32.72 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  28.31 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  31.76 
 
 		 171 aa  62.8  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  31.29 
 
 		 358 aa  62.4  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  33.74 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  34.09 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  30.34 
 
 		 214 aa  62  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  32.52 
 
 		 227 aa  60.8  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  32.91 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  40.45 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  34.48 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1199  nuclease, putative  33.33 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000552466  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  32.87 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  35.19 
 
 		 226 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  32.86 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  32.45 
 
 		 534 aa  56.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  29.68 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  24.14 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  35.19 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  28.57 
 
 		 158 aa  55.1  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  27.33 
 
 		 221 aa  54.3  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  32.54 
 
 		 167 aa  52  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  29.77 
 
 		 189 aa  51.6  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  29.77 
 
 		 189 aa  51.6  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  30.15 
 
 		 206 aa  50.8  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  33.59 
 
 		 241 aa  50.8  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  29.94 
 
 		 241 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  30.66 
 
 		 176 aa  49.7  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  30 
 
 		 242 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  31.58 
 
 		 202 aa  49.3  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  28.9 
 
 		 171 aa  48.5  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  31.54 
 
 		 243 aa  47.4  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  27.63 
 
 		 211 aa  47.4  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0454  nuclease (SNase domain protein)  31.07 
 
 		 192 aa  47  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  34.07 
 
 		 161 aa  47.4  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  27.95 
 
 		 177 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  27.95 
 
 		 177 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  27.69 
 
 		 242 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  35.04 
 
 		 166 aa  45.1  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  31.65 
 
 		 186 aa  45.1  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  30.52 
 
 		 177 aa  44.7  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  28.87 
 
 		 238 aa  44.3  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  36 
 
 		 169 aa  43.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4927  nuclease (SNase domain protein)  35.62 
 
 		 200 aa  42.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  33.58 
 
 		 263 aa  43.1  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  27.97 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  24 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  25.6 
 
 		 199 aa  42  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4945  nuclease  34.65 
 
 		 170 aa  42  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.377656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  34.26 
 
 		 185 aa  41.6  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0193  nuclease  27.14 
 
 		 182 aa  42  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  29.3 
 
 		 153 aa  42  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  52 
 
 		 226 aa  41.6  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4558  nuclease (SNase domain protein)  31.58 
 
 		 179 aa  41.2  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>