78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5043 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  100 
 
 		 249 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  70.95 
 
 		 246 aa  353  1e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  71.3 
 
 		 246 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  61.32 
 
 		 250 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  53.36 
 
 		 263 aa  266  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  34.98 
 
 		 358 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  34.27 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  36.12 
 
 		 242 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  35.43 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  31.82 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  35.14 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  32.5 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  33.62 
 
 		 227 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  32.08 
 
 		 227 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  33.48 
 
 		 214 aa  85.9  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  36.31 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  32.28 
 
 		 172 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  33.13 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  30.99 
 
 		 184 aa  80.1  0.00000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  32.44 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  32 
 
 		 214 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  33.12 
 
 		 211 aa  78.6  0.00000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  31.51 
 
 		 171 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  28.81 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  37.32 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  36.23 
 
 		 534 aa  75.1  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  34.67 
 
 		 167 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  35.92 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  35.92 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  33.33 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  33.55 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  29.94 
 
 		 158 aa  71.6  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  29.11 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  34.56 
 
 		 176 aa  70.5  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  35.26 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  33.8 
 
 		 161 aa  69.3  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  37.41 
 
 		 209 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  35.16 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  36.2 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  32.17 
 
 		 177 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  32.17 
 
 		 177 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  37.41 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  34.06 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  29.75 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  30.38 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  33.75 
 
 		 168 aa  58.9  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  38.24 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  33.58 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  35.62 
 
 		 158 aa  54.7  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  36.8 
 
 		 153 aa  53.1  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  38.97 
 
 		 163 aa  52.8  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  39.5 
 
 		 136 aa  52.4  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  29.38 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  29.94 
 
 		 187 aa  51.2  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2313  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  46.67 
 
 		 406 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  32.81 
 
 		 185 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  32.17 
 
 		 175 aa  50.4  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  28.87 
 
 		 199 aa  49.3  0.00006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  34.29 
 
 		 192 aa  48.9  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  28.57 
 
 		 206 aa  48.5  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0382  nuclease  33.79 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0029  nuclease (SNase-like)  33 
 
 		 196 aa  46.2  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.139234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  32.19 
 
 		 171 aa  45.8  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3964  nuclease  36 
 
 		 114 aa  45.4  0.0009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1218  micrococcal nuclease  31.11 
 
 		 284 aa  44.7  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340298  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  28.99 
 
 		 131 aa  45.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  25.93 
 
 		 175 aa  44.3  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  27.78 
 
 		 153 aa  44.3  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3415  nuclease (SNase-like)  40.66 
 
 		 146 aa  43.9  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  25.93 
 
 		 175 aa  43.9  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4452  hypothetical protein  29.6 
 
 		 194 aa  43.9  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2340  nuclease (SNase domain protein)  33.11 
 
 		 162 aa  43.5  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  25.93 
 
 		 175 aa  43.9  0.003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  31.3 
 
 		 169 aa  43.5  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3375  deoxyribonuclease I  38.36 
 
 		 321 aa  42.4  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2383  deoxyribonuclease I  38.36 
 
 		 321 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.178356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  29.65 
 
 		 183 aa  42.4  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  28.57 
 
 		 169 aa  42  0.009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>