126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1599 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1599  nuclease  100 
 
 		 195 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  41.18 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  39.31 
 
 		 202 aa  121  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  43.97 
 
 		 189 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  35.06 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  43.97 
 
 		 189 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  41.82 
 
 		 185 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  33.33 
 
 		 220 aa  102  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  40.91 
 
 		 171 aa  101  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  40.65 
 
 		 161 aa  99.8  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  41.13 
 
 		 214 aa  98.6  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  39.01 
 
 		 358 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  42.19 
 
 		 226 aa  93.6  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  37.41 
 
 		 242 aa  91.7  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  33.75 
 
 		 241 aa  91.3  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  40.62 
 
 		 214 aa  90.9  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  36.02 
 
 		 227 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  38.46 
 
 		 171 aa  90.5  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  35.57 
 
 		 242 aa  89.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  40 
 
 		 227 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  35.4 
 
 		 227 aa  89  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  38.85 
 
 		 172 aa  87.8  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  36.67 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  43.51 
 
 		 163 aa  86.7  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  37.75 
 
 		 534 aa  85.9  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  34.84 
 
 		 158 aa  85.1  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  34.01 
 
 		 241 aa  84.3  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  34.52 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  33.53 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  41.35 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  36.49 
 
 		 243 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  46.46 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  42.75 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  31.58 
 
 		 168 aa  77.4  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  31.13 
 
 		 148 aa  73.6  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  34.33 
 
 		 167 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  35.88 
 
 		 249 aa  71.2  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  35.8 
 
 		 246 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  38.28 
 
 		 263 aa  68.6  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  36.05 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  31.48 
 
 		 177 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  38.17 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  31.48 
 
 		 177 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  34.85 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0193  nuclease  34.64 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5086  nuclease (SNase domain protein)  37.93 
 
 		 255 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.715814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  30.23 
 
 		 174 aa  65.1  0.0000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  36.72 
 
 		 246 aa  64.7  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4959  nuclease  38.62 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  36.3 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5258  nuclease  34.09 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.486577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0379  nuclease  35 
 
 		 273 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  28.46 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  34.29 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  28.46 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  28.46 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  27.74 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5136  nuclease  32.28 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  32.77 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  36.84 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  28.31 
 
 		 244 aa  58.2  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  31.4 
 
 		 183 aa  57.8  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  33.33 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  26.74 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0402  nuclease (SNase-like)  32.14 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  32.75 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  33.11 
 
 		 166 aa  54.7  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  29.03 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4568  nuclease  29.78 
 
 		 229 aa  54.3  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.313094  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5135  staphylococcal nuclease-like protein  32.85 
 
 		 247 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  33.86 
 
 		 192 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1080  putative nuclease  32.84 
 
 		 168 aa  51.6  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  29.41 
 
 		 175 aa  51.2  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2093  nuclease (SNase domain protein)  29.24 
 
 		 278 aa  50.4  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00243596  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  30.56 
 
 		 158 aa  50.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  24.7 
 
 		 187 aa  50.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  26.92 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  31.88 
 
 		 232 aa  50.1  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  29.75 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0143  putative nuclease  33.09 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  unclonable  0.000000000478675  hitchhiker  0.000499621 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  30.3 
 
 		 238 aa  49.7  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  30.22 
 
 		 155 aa  48.9  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  29.87 
 
 		 156 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  30.39 
 
 		 169 aa  48.5  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  32.82 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  26.53 
 
 		 131 aa  48.5  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  32.82 
 
 		 191 aa  47.8  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  36.3 
 
 		 169 aa  47.8  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  27.59 
 
 		 179 aa  47.8  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9827  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  27.22 
 
 		 234 aa  47.8  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3090  nuclease (SNase-like)  36.78 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906098  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  34.65 
 
 		 240 aa  47.8  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  30.46 
 
 		 216 aa  47  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0952  nuclease (SNase-like)  30 
 
 		 157 aa  46.6  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4353  hypothetical protein  30.83 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  23.88 
 
 		 153 aa  47  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  33.08 
 
 		 153 aa  47  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1467  Excalibur domain-containing protein  31.07 
 
 		 259 aa  46.6  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  32.33 
 
 		 153 aa  47  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>