80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3789 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  100 
 
 		 131 aa  266  5.9999999999999995e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3714  nuclease (SNase-like)  43.07 
 
 		 156 aa  104  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.551485 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  46.6 
 
 		 169 aa  91.3  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0619  hypothetical protein  36.9 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.810803 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  30.95 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  28.35 
 
 		 171 aa  62.8  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  30.17 
 
 		 172 aa  62.8  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  34.43 
 
 		 227 aa  62  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  33.61 
 
 		 227 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  32.79 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  29.73 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  37.27 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  34.25 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  35.48 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  32.38 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  30.95 
 
 		 171 aa  54.3  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  34.41 
 
 		 226 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5158  hypothetical protein  38.32 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.275699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  29.6 
 
 		 175 aa  52.8  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  30.77 
 
 		 226 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  30.4 
 
 		 175 aa  53.1  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  27.42 
 
 		 220 aa  53.5  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  28.8 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  36.27 
 
 		 136 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  28.26 
 
 		 192 aa  51.6  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  30.51 
 
 		 167 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  27.68 
 
 		 202 aa  50.8  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  27.21 
 
 		 206 aa  50.1  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  31.65 
 
 		 166 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2515  nuclease (SNase domain protein)  31.5 
 
 		 221 aa  50.1  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.893874 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  23.85 
 
 		 153 aa  50.1  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0608  nuclease  30.83 
 
 		 214 aa  48.9  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.780099  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  30.28 
 
 		 168 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  33.33 
 
 		 163 aa  48.9  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  34.82 
 
 		 534 aa  49.3  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1627  nuclease (SNase domain protein)  31.5 
 
 		 221 aa  48.9  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.839518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  26.53 
 
 		 195 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  25.95 
 
 		 221 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2377  SNase-like nuclease  33.33 
 
 		 185 aa  47  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0106322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  35.35 
 
 		 176 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  31.3 
 
 		 241 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  25.89 
 
 		 241 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1199  nuclease, putative  27.5 
 
 		 187 aa  45.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000552466  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  27.91 
 
 		 175 aa  45.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  31.97 
 
 		 153 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  24.26 
 
 		 185 aa  46.2  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  28.44 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  26.98 
 
 		 246 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  31.31 
 
 		 250 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  30.36 
 
 		 244 aa  45.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  26.62 
 
 		 208 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0658  nuclease (SNase domain protein)  29.03 
 
 		 171 aa  44.3  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  31.37 
 
 		 169 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  28 
 
 		 189 aa  43.9  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  29.17 
 
 		 242 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  28 
 
 		 189 aa  43.9  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  30 
 
 		 242 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1080  putative nuclease  29.37 
 
 		 168 aa  43.9  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  34.07 
 
 		 158 aa  43.9  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4945  nuclease  33.33 
 
 		 170 aa  43.9  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.377656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  26.67 
 
 		 211 aa  43.5  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  27.18 
 
 		 177 aa  42.7  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  29.66 
 
 		 153 aa  43.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  29.51 
 
 		 164 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  27.18 
 
 		 177 aa  42.7  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2567  nuclease  28.95 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.190384 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  28.83 
 
 		 184 aa  42.7  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  30.21 
 
 		 243 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  30.43 
 
 		 246 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  28.89 
 
 		 174 aa  42.4  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  32.1 
 
 		 177 aa  41.6  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  23.77 
 
 		 169 aa  41.6  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  28.35 
 
 		 155 aa  41.2  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0193  nuclease  31.4 
 
 		 182 aa  40.8  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  23.93 
 
 		 227 aa  41.2  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3167  nuclease  27.35 
 
 		 122 aa  40.4  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139898  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  32.18 
 
 		 153 aa  40.4  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  27.78 
 
 		 358 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  32.58 
 
 		 171 aa  40.4  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  26.23 
 
 		 232 aa  40  0.01  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>