61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1032 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  100 
 
 		 246 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  78.23 
 
 		 246 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  72.65 
 
 		 249 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  55.65 
 
 		 250 aa  261  6e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  54.3 
 
 		 263 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  33.93 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  36.04 
 
 		 242 aa  99.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  34.38 
 
 		 242 aa  99.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  36.49 
 
 		 243 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  32.66 
 
 		 241 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  31.84 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  31.72 
 
 		 214 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  36.3 
 
 		 171 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  31.15 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  31.15 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  35.44 
 
 		 172 aa  79  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  26.97 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  34.78 
 
 		 171 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  29.02 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  29.46 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  30.04 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  35.8 
 
 		 195 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  33.33 
 
 		 158 aa  67.4  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  32.68 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  36.57 
 
 		 161 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  34.31 
 
 		 208 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  36.92 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  34.84 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  28.83 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  32.26 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  32.48 
 
 		 167 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  32.68 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  32.26 
 
 		 189 aa  58.2  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  32.26 
 
 		 189 aa  58.2  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  28.76 
 
 		 221 aa  58.5  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  31.45 
 
 		 168 aa  57  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  33.06 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  23.6 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  33.58 
 
 		 534 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2313  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  57.69 
 
 		 406 aa  54.7  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  31.75 
 
 		 185 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  33.33 
 
 		 209 aa  52  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  24.54 
 
 		 175 aa  51.6  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  23.93 
 
 		 175 aa  50.4  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  23.31 
 
 		 175 aa  49.7  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 211 aa  49.7  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  35.54 
 
 		 192 aa  49.3  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  32.77 
 
 		 175 aa  48.9  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  35.9 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  27.56 
 
 		 148 aa  47.8  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  33.86 
 
 		 192 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  26.98 
 
 		 131 aa  45.4  0.0009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  30.14 
 
 		 177 aa  44.7  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  30.14 
 
 		 177 aa  44.7  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  28.66 
 
 		 177 aa  45.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0394  hypothetical protein  40.68 
 
 		 199 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1190  nuclease  28.49 
 
 		 166 aa  43.1  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0870678  normal  0.0174729 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  27.27 
 
 		 206 aa  43.1  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  36.67 
 
 		 136 aa  43.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  29.6 
 
 		 199 aa  42.4  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  31.78 
 
 		 185 aa  42  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>