61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2752 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  100 
 
 
263 aa  529  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  55.27 
 
 
250 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  58.22 
 
 
246 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  54.3 
 
 
249 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  52.1 
 
 
246 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  35.43 
 
 
242 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  33.33 
 
 
241 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  32.91 
 
 
358 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  34.63 
 
 
243 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  33.19 
 
 
242 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  31 
 
 
241 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  34.4 
 
 
227 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  32.8 
 
 
227 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  35.71 
 
 
227 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  31.86 
 
 
226 aa  89.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  31.88 
 
 
214 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  34.27 
 
 
172 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  30.67 
 
 
226 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  30.22 
 
 
214 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  34.51 
 
 
171 aa  76.6  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  34.04 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  31.33 
 
 
211 aa  75.9  0.0000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  38.76 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  32.79 
 
 
221 aa  72.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  38.76 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  35.86 
 
 
208 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  30.2 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  36.17 
 
 
195 aa  71.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  29.52 
 
 
158 aa  68.9  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  32.1 
 
 
161 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  32.92 
 
 
167 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  32.92 
 
 
176 aa  67.4  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  33.82 
 
 
220 aa  64.7  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  31.69 
 
 
202 aa  62.4  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  31.65 
 
 
534 aa  61.2  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  36.64 
 
 
209 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  35.56 
 
 
211 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  33.58 
 
 
185 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  29.59 
 
 
168 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  31.21 
 
 
166 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  30.27 
 
 
177 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  30.27 
 
 
177 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  27.61 
 
 
148 aa  54.7  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  35.07 
 
 
192 aa  54.7  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  33.33 
 
 
163 aa  53.9  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  28.48 
 
 
177 aa  52  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  33.8 
 
 
186 aa  51.6  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  28.48 
 
 
192 aa  51.2  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2313  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  50 
 
 
406 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  32.28 
 
 
175 aa  49.7  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  30.6 
 
 
185 aa  49.3  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  29.22 
 
 
171 aa  48.9  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  30.28 
 
 
153 aa  48.9  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  32 
 
 
199 aa  44.3  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  33.83 
 
 
192 aa  43.5  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  36.13 
 
 
136 aa  43.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0889  nuclease  31.45 
 
 
197 aa  43.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000805707  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  28.71 
 
 
158 aa  42.7  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2574  beta-lactamase domain-containing protein  46.67 
 
 
352 aa  42.7  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000152958  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  32.43 
 
 
179 aa  42.4  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  27.53 
 
 
180 aa  42  0.009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>