66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2052 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  100 
 
 		 171 aa  348  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  41.41 
 
 		 189 aa  108  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  41.33 
 
 		 185 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  41.41 
 
 		 189 aa  108  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  40.16 
 
 		 202 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  40.91 
 
 		 195 aa  101  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  31.85 
 
 		 221 aa  92.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  28.75 
 
 		 184 aa  89.4  3e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  35.14 
 
 		 171 aa  89  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  36.09 
 
 		 172 aa  87.4  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  36.67 
 
 		 161 aa  87  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  31.68 
 
 		 158 aa  85.1  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  39.39 
 
 		 214 aa  85.1  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  37.69 
 
 		 226 aa  84.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  38.69 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  36.92 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  33.83 
 
 		 167 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  43.65 
 
 		 185 aa  82  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  34.53 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  34.53 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  34.78 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  33.55 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  32.09 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  33.81 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  32.84 
 
 		 242 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  31.85 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  34.16 
 
 		 534 aa  72.4  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  33.11 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  33.08 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  32.81 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  31.06 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  30.99 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  30.99 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  35.56 
 
 		 243 aa  65.1  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  32.7 
 
 		 163 aa  65.5  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  33.33 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  31.54 
 
 		 246 aa  64.3  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  33.07 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  35.37 
 
 		 192 aa  63.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  30.77 
 
 		 175 aa  62.8  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  34.13 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  31.5 
 
 		 211 aa  62  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  32.81 
 
 		 177 aa  62  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  31.11 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  26.71 
 
 		 168 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  28.8 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  32.58 
 
 		 250 aa  54.7  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9827  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  26.32 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  32.8 
 
 		 192 aa  51.2  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  27.49 
 
 		 206 aa  49.7  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  30.11 
 
 		 205 aa  48.5  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6411  nuclease  27.87 
 
 		 233 aa  48.1  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  28.36 
 
 		 231 aa  47.4  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  30 
 
 		 263 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  27.61 
 
 		 171 aa  46.6  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4568  nuclease  27.66 
 
 		 229 aa  45.4  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.313094  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  27.97 
 
 		 162 aa  45.1  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  29.55 
 
 		 186 aa  44.7  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  29.89 
 
 		 191 aa  44.7  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  24.51 
 
 		 199 aa  44.3  0.0008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  30.58 
 
 		 175 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  30.21 
 
 		 158 aa  43.9  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0817  nuclease (SNase-like)  28.57 
 
 		 182 aa  42.4  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4353  hypothetical protein  30.18 
 
 		 199 aa  41.2  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9826  hypothetical protein  26.61 
 
 		 179 aa  40.8  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  24.75 
 
 		 169 aa  40.8  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>