77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6085 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6085  nuclease  100 
 
 		 158 aa  316  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  58.77 
 
 		 166 aa  142  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  50.98 
 
 		 534 aa  110  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  46.88 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  41.06 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  46.09 
 
 		 227 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  46.09 
 
 		 227 aa  97.1  9e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  42.55 
 
 		 158 aa  95.5  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  51 
 
 		 227 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  43.09 
 
 		 211 aa  91.7  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  48.57 
 
 		 212 aa  90.5  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  45.61 
 
 		 167 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  39.37 
 
 		 176 aa  73.9  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  42.98 
 
 		 161 aa  72.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  34.62 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  38.79 
 
 		 189 aa  68.6  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  38.79 
 
 		 189 aa  68.6  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  41.75 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  37.61 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  39.82 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  34.65 
 
 		 177 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  31.86 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  31.86 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  37.17 
 
 		 226 aa  64.7  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  37.62 
 
 		 208 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  36.07 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  44.21 
 
 		 214 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  37.11 
 
 		 358 aa  60.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  36.84 
 
 		 241 aa  60.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  43.16 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  35.14 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  34.23 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  36.63 
 
 		 209 aa  57.4  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  33.05 
 
 		 168 aa  57  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  36.63 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  36.09 
 
 		 240 aa  54.3  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  35 
 
 		 242 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  32.85 
 
 		 169 aa  52  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  32 
 
 		 242 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  33.63 
 
 		 175 aa  52  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  33.33 
 
 		 180 aa  51.2  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  26.92 
 
 		 184 aa  50.1  0.00001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  34.02 
 
 		 174 aa  50.1  0.00001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  31.73 
 
 		 243 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  33.61 
 
 		 171 aa  48.9  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  32.26 
 
 		 183 aa  48.5  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  31.09 
 
 		 153 aa  47.8  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  34.13 
 
 		 179 aa  47.4  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  31.93 
 
 		 153 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  28.28 
 
 		 195 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  35.42 
 
 		 136 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  28 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  28.8 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  28.57 
 
 		 199 aa  45.4  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3714  nuclease (SNase-like)  32.35 
 
 		 156 aa  45.4  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.551485 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  32.54 
 
 		 187 aa  45.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  33.65 
 
 		 158 aa  45.1  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  32.76 
 
 		 250 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  28.36 
 
 		 153 aa  45.1  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  35.05 
 
 		 241 aa  45.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5232  nuclease (SNase domain protein)  37.29 
 
 		 175 aa  45.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  28 
 
 		 175 aa  45.1  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  25.62 
 
 		 171 aa  45.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  32.04 
 
 		 131 aa  44.7  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  30.33 
 
 		 244 aa  43.9  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04500  nuclease (SNase domain protein)  36.84 
 
 		 276 aa  43.5  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0658  nuclease (SNase domain protein)  27.73 
 
 		 171 aa  43.5  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  38.46 
 
 		 192 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  30.1 
 
 		 192 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2046  nuclease (SNase-like)  27.18 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.879712  normal  0.484882 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 185 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2030  nuclease  32.31 
 
 		 238 aa  42  0.003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.000000000391548 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  30.77 
 
 		 263 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1889  nuclease (SNase domain protein)  29.17 
 
 		 224 aa  41.2  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.058729  normal  0.0179002 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  29.17 
 
 		 164 aa  40.4  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  32.11 
 
 		 169 aa  40.4  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  28.12 
 
 		 192 aa  40.4  0.01  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>