More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2576 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  100 
 
 		 358 aa  737    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  49.78 
 
 		 241 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  51.82 
 
 		 242 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  49.33 
 
 		 242 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  49.55 
 
 		 241 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  51.36 
 
 		 243 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  37.74 
 
 		 227 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  37.95 
 
 		 227 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  37.26 
 
 		 227 aa  139  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  36.24 
 
 		 214 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  35.32 
 
 		 249 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  37.5 
 
 		 250 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  36.32 
 
 		 214 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  35.85 
 
 		 226 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  46.97 
 
 		 161 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  33.33 
 
 		 263 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  41.84 
 
 		 189 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  41.84 
 
 		 189 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  33.8 
 
 		 246 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  39.39 
 
 		 172 aa  106  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  40.15 
 
 		 171 aa  106  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  33.93 
 
 		 246 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  37.33 
 
 		 212 aa  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  40.29 
 
 		 221 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  39.01 
 
 		 195 aa  97.4  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  40.15 
 
 		 534 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  37.12 
 
 		 211 aa  95.5  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  37.78 
 
 		 208 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  33.48 
 
 		 226 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  38.64 
 
 		 158 aa  94.4  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  36.84 
 
 		 167 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  38.97 
 
 		 202 aa  93.6  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  40 
 
 		 166 aa  92.8  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 177 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  33.33 
 
 		 177 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  34.23 
 
 		 184 aa  87.4  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  39.39 
 
 		 209 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  37.88 
 
 		 211 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  38.69 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  40.69 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0709  rare lipoprotein A  52.94 
 
 		 124 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.416345  normal  0.119045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  39.75 
 
 		 163 aa  83.2  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  31.85 
 
 		 177 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  33.33 
 
 		 220 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3377  rare lipoprotein A  51.76 
 
 		 115 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.437587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  35.92 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  34.33 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0720  rare lipoprotein A  51.76 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1475  rare lipoprotein A  48.24 
 
 		 124 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3506  rare lipoprotein A  49.41 
 
 		 115 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.898762 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3182  rare lipoprotein A  49.41 
 
 		 115 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2135  rare lipoprotein A family protein  49.43 
 
 		 118 aa  73.6  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2050  rare lipoprotein A family protein  49.43 
 
 		 118 aa  73.6  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0189793  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0775  rare lipoprotein A  40.44 
 
 		 118 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384839  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1079  rare lipoprotein A  50.7 
 
 		 360 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1108  rare lipoprotein A  50.7 
 
 		 360 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0936  rare lipoprotein A  50.7 
 
 		 124 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2034  rare lipoprotein A  44.3 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  32.17 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  32.31 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0969  rare lipoprotein A  50.7 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629172  normal  0.144178 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0965  rare lipoprotein A  43.68 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3340  rare lipoprotein A  50 
 
 		 358 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2475  hypothetical protein  45.68 
 
 		 153 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4283  rare lipoprotein A  48.65 
 
 		 367 aa  68.6  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4952  rare lipoprotein A  46.84 
 
 		 121 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.464519  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0676  rare lipoprotein A  45.78 
 
 		 117 aa  68.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.558128 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4924  rare lipoprotein A  46.84 
 
 		 121 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0929  rare lipoprotein A  49.3 
 
 		 124 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4167  rare lipoprotein A  50.7 
 
 		 145 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1489  rare lipoprotein A  45.57 
 
 		 122 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4286  rare lipoprotein A  49.3 
 
 		 155 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0403  rare lipoprotein A  45.78 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6400  rare lipoprotein A  46.34 
 
 		 135 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5339  rare lipoprotein A  48.65 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4315  rare lipoprotein A  45.78 
 
 		 200 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0736  rare lipoprotein A  41.38 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0240086  hitchhiker  0.0000000179293 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3531  rare lipoprotein A  43.53 
 
 		 124 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4476  rplA family protein  49.3 
 
 		 122 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0337  rare lipoprotein A  45.35 
 
 		 144 aa  65.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4580  rare lipoprotein A  45.35 
 
 		 120 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0743429 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3150  rare lipoprotein A family protein  40.91 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4317  rare lipoprotein A  45.35 
 
 		 120 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1543  rare lipoprotein A  43.68 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  28.48 
 
 		 192 aa  65.1  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  31.13 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3960  rare lipoprotein A  41.38 
 
 		 118 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1631  rare lipoprotein A family protein  39.77 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0084  rare lipoprotein A  47.76 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.332012  normal  0.0350309 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3399  rare lipoprotein A family protein  39.77 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0569835  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2911  rare lipoprotein A family protein  39.77 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.339601  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0749  rare lipoprotein A  47.89 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3821  rare lipoprotein A family protein  39.77 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577854  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2970  rare lipoprotein A family protein  39.77 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0043  rare lipoprotein A family protein  39.77 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2019  rare lipoprotein A  41.75 
 
 		 165 aa  63.9  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.202137  normal  0.287448 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2902  rare lipoprotein A  45.95 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.280863  normal  0.0524626 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3902  rare lipoprotein A family protein  39.77 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0319  rare lipoprotein A  43.66 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000762425  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0834  rare lipoprotein A  46.48 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0578704  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>