29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6411 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6411  nuclease  100 
 
 		 233 aa  474  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4568  nuclease  66.23 
 
 		 229 aa  317  7.999999999999999e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.313094  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9827  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  64.41 
 
 		 234 aa  298  5e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  53.42 
 
 		 231 aa  238  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  30.52 
 
 		 161 aa  60.1  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  32.03 
 
 		 168 aa  58.5  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  31.79 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  34.25 
 
 		 192 aa  53.1  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  33.33 
 
 		 534 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  33.59 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  30.34 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  32.54 
 
 		 241 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  30.13 
 
 		 227 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4452  hypothetical protein  32.34 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  30.13 
 
 		 227 aa  49.3  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  29.73 
 
 		 184 aa  48.5  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  27.87 
 
 		 171 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  30.34 
 
 		 202 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  27.5 
 
 		 221 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  30.56 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  28.48 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  30.82 
 
 		 171 aa  45.8  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  31.03 
 
 		 208 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  28.77 
 
 		 358 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  32.81 
 
 		 226 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  32.03 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  30.43 
 
 		 172 aa  43.1  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  30.99 
 
 		 176 aa  43.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4353  hypothetical protein  30.73 
 
 		 199 aa  42.7  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>