112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0382 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0382  nuclease  100 
 
 		 256 aa  533  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0537  nuclease  70.71 
 
 		 286 aa  363  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3775  nuclease  62.03 
 
 		 257 aa  316  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.770263  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2838  nuclease  34.69 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2968  nuclease (SNase domain protein)  31.78 
 
 		 272 aa  99.8  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00021469  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1218  micrococcal nuclease  30.04 
 
 		 284 aa  97.1  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340298  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66700  putative nuclease  30.23 
 
 		 255 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4959  nuclease  31.2 
 
 		 273 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5785  putative nuclease  29.3 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5135  staphylococcal nuclease-like protein  26.77 
 
 		 247 aa  89  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5086  nuclease (SNase domain protein)  30.4 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.715814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2093  nuclease (SNase domain protein)  27.89 
 
 		 278 aa  85.9  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00243596  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0400  nuclease  27.24 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.246467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0538  nuclease  34.72 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5136  nuclease  28.46 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0402  nuclease (SNase-like)  29.23 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0379  nuclease  26.86 
 
 		 273 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04500  nuclease (SNase domain protein)  30.77 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4124  nuclease  26.67 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000792946  hitchhiker  0.000000518116 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0891  thermonuclease precursor family protein  28.79 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000025104  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1691  nuclease  32.45 
 
 		 272 aa  69.7  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880921 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1900  nuclease (SNase-like)  32.59 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.898699  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1176  nuclease  28.57 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0124  nuclease (SNase-like)  29.75 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00271835  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  29.39 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0060  nuclease  32.45 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1118  nuclease (SNase domain protein)  32.87 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1385  thermonuclease  26.52 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000128794  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1412  thermonuclease  26.52 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000099778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0816  micrococcal nuclease  33.82 
 
 		 228 aa  62  0.000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000405887  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0832  micrococcal nuclease  33.82 
 
 		 228 aa  62  0.000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000140573  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3457  nuclease  29.63 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000805339 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1084  nuclease (SNase domain protein)  35.94 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.598507  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  34.59 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1341  nuclease (SNase domain protein)  31.65 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.223732  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02380  micrococcal nuclease-like nuclease  28.02 
 
 		 408 aa  58.9  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2526  SNase-like nuclease  30.49 
 
 		 171 aa  58.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0971838  normal  0.0202736 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0448  nuclease  27.74 
 
 		 183 aa  58.5  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0938967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  29.88 
 
 		 192 aa  57.8  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1472  nuclease  27.52 
 
 		 183 aa  57.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0912  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  29.5 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0141  thermonuclease family protein  28.87 
 
 		 214 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0272  thermonuclease family protein  28.87 
 
 		 214 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  0.843157 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  31.03 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0076  hypothetical protein  30.67 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2051  nuclease (SNase-like)  29.75 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0268547  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0324  thermonuclease  24.85 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0753  nuclease  27.81 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.838035  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1889  nuclease (SNase domain protein)  31.25 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.058729  normal  0.0179002 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0389  nuclease  25.84 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0516  nuclease  25.52 
 
 		 189 aa  53.9  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.439646  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  28.12 
 
 		 153 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1456  nuclease (SNase domain protein)  32.28 
 
 		 184 aa  53.5  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0982  nuclease (SNase-like)  30.19 
 
 		 249 aa  53.1  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000101814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  32.08 
 
 		 227 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2044  nuclease (SNase-like)  32.85 
 
 		 191 aa  52.8  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0889  nuclease  32.69 
 
 		 197 aa  52.8  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000805707  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  30.37 
 
 		 166 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  29.03 
 
 		 153 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  28.19 
 
 		 174 aa  52.4  0.000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  32.48 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0794  nuclease  31.11 
 
 		 327 aa  51.6  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4927  nuclease (SNase domain protein)  30.32 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3634  nuclease (SNase domain protein)  29.77 
 
 		 382 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.322659 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5232  nuclease (SNase domain protein)  32.28 
 
 		 175 aa  50.1  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2736  Micrococcal nuclease  35.38 
 
 		 258 aa  49.7  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000195344  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  31.51 
 
 		 171 aa  50.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  33.06 
 
 		 240 aa  49.7  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  32.12 
 
 		 227 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1464  micrococcal nuclease  30.71 
 
 		 150 aa  49.3  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.895174  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  26.21 
 
 		 184 aa  49.3  0.00006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02740  micrococcal nuclease-like nuclease  32.88 
 
 		 259 aa  48.9  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25810  nuclease  32.85 
 
 		 169 aa  48.9  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823432  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1371  nuclease  29.41 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.490456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  32.54 
 
 		 186 aa  48.5  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  25.95 
 
 		 164 aa  48.5  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  28.76 
 
 		 156 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0447  nuclease (SNase-like)  33.58 
 
 		 157 aa  47.8  0.0002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0276095  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3090  nuclease (SNase-like)  34.02 
 
 		 201 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906098  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  29.58 
 
 		 534 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1722  nuclease (SNase domain protein)  27.84 
 
 		 273 aa  47  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  26.83 
 
 		 175 aa  47  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06071  micrococcal nuclease  34.69 
 
 		 185 aa  47  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.312315  normal  0.542138 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  26.02 
 
 		 175 aa  46.6  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  26.38 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  30.15 
 
 		 153 aa  46.2  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0755  nuclease (SNase-like)  25 
 
 		 166 aa  46.2  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0844  nuclease  33.81 
 
 		 218 aa  46.2  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  33.59 
 
 		 208 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  27.13 
 
 		 153 aa  45.8  0.0006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  32.03 
 
 		 161 aa  46.2  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  29.93 
 
 		 212 aa  46.2  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0569  nuclease  26.9 
 
 		 192 aa  45.8  0.0007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  26.02 
 
 		 175 aa  45.4  0.0009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2735  nuclease (SNase domain protein)  29.5 
 
 		 383 aa  45.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000147133  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  33.6 
 
 		 136 aa  45.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  30.37 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  26.51 
 
 		 179 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1665  nuclease (SNase domain protein)  30.07 
 
 		 203 aa  45.1  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.409735  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  30.37 
 
 		 205 aa  44.3  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>