112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3090 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3090  nuclease (SNase-like)  100 
 
 		 201 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906098  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4671  nuclease (SNase-like)  42.69 
 
 		 154 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.91536  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3167  nuclease  51.52 
 
 		 122 aa  98.2  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139898  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2972  nuclease  49.51 
 
 		 273 aa  88.6  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.722719  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4764  nuclease  48.6 
 
 		 196 aa  87.8  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00156339  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8127  nuclease  44.36 
 
 		 146 aa  87.8  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129752  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0557  nuclease (SNase-like)  43.65 
 
 		 143 aa  87.4  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.364333  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9184  nuclease protein  51.06 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.779909  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0240  nuclease (SNase-like)  39.2 
 
 		 160 aa  74.7  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0817  nuclease (SNase-like)  41.18 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1250  nuclease (SNase-like)  43.93 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3139  nuclease (SNase-like)  40.2 
 
 		 158 aa  68.6  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1966  putative transmembrane protein  39.81 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113674  normal  0.424222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0088  SNase-like nuclease  35.29 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  44.09 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  40.62 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3627  hypothetical protein  36.45 
 
 		 241 aa  58.2  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  40.62 
 
 		 534 aa  57.8  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3328  hypothetical protein  36.45 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.291078 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0715  nuclease (SNase-like)  34.45 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.680905 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  39.78 
 
 		 171 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1889  nuclease (SNase domain protein)  43.18 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.058729  normal  0.0179002 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3415  nuclease (SNase-like)  33.33 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5135  staphylococcal nuclease-like protein  34.65 
 
 		 247 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0154  nuclease  35.19 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  37.21 
 
 		 169 aa  54.3  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4959  nuclease  39.56 
 
 		 273 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  38.89 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  36.96 
 
 		 148 aa  54.3  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0400  nuclease  33.66 
 
 		 267 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.246467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4945  nuclease  41.44 
 
 		 170 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.377656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5086  nuclease (SNase domain protein)  38.46 
 
 		 255 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.715814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  40.62 
 
 		 226 aa  52.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  35.87 
 
 		 240 aa  53.1  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  40.45 
 
 		 158 aa  52.4  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3964  nuclease  38.89 
 
 		 114 aa  52.4  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  39.33 
 
 		 214 aa  52.4  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  34.95 
 
 		 161 aa  52  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2051  nuclease (SNase-like)  36.21 
 
 		 228 aa  52  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0268547  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2354  nuclease (SNase-like)  29.69 
 
 		 164 aa  52  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.527166  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  35.56 
 
 		 175 aa  50.8  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3035  nuclease (SNase-like)  37.96 
 
 		 143 aa  51.2  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.376528  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  35.56 
 
 		 175 aa  50.8  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  34.91 
 
 		 221 aa  50.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  36.67 
 
 		 175 aa  51.2  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 358 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1381  micrococcal nuclease-like protein  39.74 
 
 		 88 aa  50.4  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0429202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2567  nuclease  31.71 
 
 		 148 aa  50.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.190384 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  39.58 
 
 		 214 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1691  nuclease  34.69 
 
 		 272 aa  50.1  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5136  nuclease  38.89 
 
 		 273 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0379  nuclease  40 
 
 		 273 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2838  nuclease  34.34 
 
 		 247 aa  49.7  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00761  hypothetical protein  34.02 
 
 		 155 aa  49.7  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.489486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4124  nuclease  35.56 
 
 		 260 aa  49.7  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000792946  hitchhiker  0.000000518116 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1330  nuclease  35.9 
 
 		 159 aa  49.7  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000142245 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  35.85 
 
 		 166 aa  49.7  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  25.83 
 
 		 184 aa  49.3  0.00004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  34.04 
 
 		 153 aa  49.3  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  39.36 
 
 		 166 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0029  nuclease (SNase-like)  30.7 
 
 		 196 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.139234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0538  nuclease  37.36 
 
 		 266 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0891  thermonuclease precursor family protein  35.48 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000025104  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0382  nuclease  34.02 
 
 		 256 aa  47.4  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  36.78 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4496  nuclease  34.91 
 
 		 187 aa  47.8  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66700  putative nuclease  35.56 
 
 		 255 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  36.46 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  35.48 
 
 		 244 aa  47.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0447  nuclease (SNase-like)  34.69 
 
 		 157 aa  46.6  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0276095  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5785  putative nuclease  35.56 
 
 		 255 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  39.62 
 
 		 162 aa  45.8  0.0004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1080  putative nuclease  36.84 
 
 		 168 aa  46.2  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0794  nuclease  34.26 
 
 		 327 aa  45.8  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  39.05 
 
 		 175 aa  45.8  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  35.71 
 
 		 263 aa  45.8  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  35.35 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  35.35 
 
 		 191 aa  45.4  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1084  nuclease (SNase domain protein)  28.57 
 
 		 333 aa  45.4  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.598507  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0537  nuclease  32.65 
 
 		 286 aa  45.1  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3775  nuclease  30.63 
 
 		 257 aa  45.1  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.770263  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1472  nuclease  31.54 
 
 		 183 aa  45.1  0.0008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2968  nuclease (SNase domain protein)  32 
 
 		 272 aa  44.7  0.0009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00021469  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2736  Micrococcal nuclease  29.63 
 
 		 258 aa  44.3  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000195344  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  32.97 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3683  nuclease  36.17 
 
 		 153 aa  44.3  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  31.18 
 
 		 156 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  32.97 
 
 		 168 aa  43.9  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  32.97 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1218  micrococcal nuclease  31.87 
 
 		 284 aa  43.9  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340298  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0402  nuclease (SNase-like)  29.41 
 
 		 260 aa  43.9  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  32.69 
 
 		 180 aa  43.5  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1025  nuclease  35.78 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0861238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  32.98 
 
 		 232 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  32.97 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  31.68 
 
 		 164 aa  43.9  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0454  nuclease (SNase domain protein)  35.58 
 
 		 192 aa  43.9  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  40.43 
 
 		 153 aa  43.5  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  31.87 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2807  nuclease (SNase-like)  35.35 
 
 		 178 aa  42.7  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00150481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>