102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3375 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3375  deoxyribonuclease I  100 
 
 
321 aa  674    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2383  deoxyribonuclease I  99.38 
 
 
321 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.178356  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2569  deoxyribonuclease I  95.95 
 
 
321 aa  649    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0107726  normal  0.160045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3757  deoxyribonuclease I  77.4 
 
 
323 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163237  normal  0.488138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02310  Deoxyribonuclease I  50.4 
 
 
268 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0550  endonuclease I precursor  52.79 
 
 
237 aa  249  4e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3349  deoxyribonuclease I  53.25 
 
 
235 aa  246  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000315843  decreased coverage  0.00212113 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0504  Deoxyribonuclease I  52.79 
 
 
233 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3087  endonuclease I  53.3 
 
 
235 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00686191  hitchhiker  0.0000298257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2364  endonuclease I  50.66 
 
 
233 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170845  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4248  endonuclease I  53.3 
 
 
235 aa  243  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.260828 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02775  DNA-specific endonuclease I  52.86 
 
 
235 aa  241  9e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.153052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3103  endonuclease I  52.86 
 
 
235 aa  241  9e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3288  endonuclease I  52.86 
 
 
235 aa  241  9e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.961762  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3377  endonuclease I  52.86 
 
 
235 aa  241  9e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02738  hypothetical protein  52.86 
 
 
235 aa  241  9e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.252778  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0769  deoxyribonuclease I  52.42 
 
 
235 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000516595  unclonable  0.0000000197257 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0750  Deoxyribonuclease I  52.42 
 
 
235 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00967955  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3340  endonuclease I  55.14 
 
 
235 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00611255  normal  0.202483 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3332  endonuclease I  55.14 
 
 
235 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172543  normal  0.387366 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3267  endonuclease I  55.14 
 
 
235 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0010351  normal  0.0484419 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3256  endonuclease I  55.14 
 
 
235 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000148246  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3436  endonuclease I  55.14 
 
 
235 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00127424  hitchhiker  0.00168464 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0547  Deoxyribonuclease I  53.71 
 
 
232 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000480912  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1915  deoxyribonuclease I  50 
 
 
229 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.468697  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2148  deoxyribonuclease I  49.34 
 
 
233 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000104352  normal  0.178715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1350  deoxyribonuclease I  50.22 
 
 
232 aa  236  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3907  Deoxyribonuclease I  51.74 
 
 
232 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03571  endonuclease I  54.5 
 
 
231 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002464  endonuclease I precursor  51.57 
 
 
231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3709  Deoxyribonuclease I  53.21 
 
 
232 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000796266  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2451  deoxyribonuclease I  47.62 
 
 
230 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3242  deoxyribonuclease I  47.19 
 
 
230 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.187326  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3521  deoxyribonuclease I  47.62 
 
 
230 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.271071 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40130  deoxyribonuclease I  52.83 
 
 
231 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0550387  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2493  DNA-specific endonuclease I  46.75 
 
 
237 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28570  DNA-specific endonuclease I  46.75 
 
 
237 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000174219 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0839  endonuclease I  53.14 
 
 
235 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3345  endonuclease I  53.14 
 
 
235 aa  223  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0841  deoxyribonuclease I  53.14 
 
 
235 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000239428  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4024  deoxyribonuclease I  49.14 
 
 
231 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000163525  decreased coverage  0.000370071 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4374  deoxyribonuclease I  46.43 
 
 
288 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000699204  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0624  deoxyribonuclease I  47.93 
 
 
241 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00856225  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0022  extracellular deoxyribonuclease  47.84 
 
 
231 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3971  deoxyribonuclease I  47.75 
 
 
251 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0842  deoxyribonuclease I  47.84 
 
 
258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000267909  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0544  deoxyribonuclease I  51.72 
 
 
254 aa  212  7e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.135905  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3443  endonuclease I  47.84 
 
 
257 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000111641  hitchhiker  0.00909149 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0691  deoxyribonuclease I  47.41 
 
 
257 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000438774  normal  0.686603 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0833  endonuclease I  45.73 
 
 
258 aa  209  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3223  deoxyribonuclease I  47.96 
 
 
251 aa  209  7e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396495  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3331  deoxyribonuclease I  46.98 
 
 
257 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.801712 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3160  deoxyribonuclease I  46.12 
 
 
259 aa  208  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000648022  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3525  deoxyribonuclease I  49.76 
 
 
258 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000100295  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4133  deoxyribonuclease I  47.32 
 
 
251 aa  206  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0867821 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0810  deoxyribonuclease I  49.29 
 
 
258 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000171872  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0576  deoxyribonuclease I  45.49 
 
 
242 aa  204  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000105466  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0835  Deoxyribonuclease I  49.29 
 
 
258 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000225063  hitchhiker  0.0000104704 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2973  deoxyribonuclease I  46.63 
 
 
269 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.576725  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2065  deoxyribonuclease I  42.5 
 
 
243 aa  187  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.014094  normal  0.0314213 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1309  deoxyribonuclease I  44.25 
 
 
229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.122078  normal  0.128017 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2835  deoxyribonuclease I  44.25 
 
 
229 aa  180  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.667244 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0601  deoxyribonuclease I  36.51 
 
 
250 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2580  deoxyribonuclease I  35.66 
 
 
256 aa  146  5e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.316828 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0256  extracellular deoxyribonuclease  41.29 
 
 
223 aa  145  8.000000000000001e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1458  Deoxyribonuclease I  35.22 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.118773  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4577  deoxyribonuclease I  34.85 
 
 
243 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  3.5492500000000006e-18  normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4415  deoxyribonuclease I  31.85 
 
 
243 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  8.69182e-28  decreased coverage  0.000909905 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4599  deoxyribonuclease I  31.85 
 
 
243 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.26401e-21  normal  0.918023 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5532  Endonuclease I  27.12 
 
 
232 aa  72.8  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0708603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4067  endonuclease I  26.92 
 
 
219 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0378834  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3396  endonuclease I  32.81 
 
 
539 aa  62.4  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3021  endonuclease I  34.38 
 
 
553 aa  62  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00455766  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1948  endonuclease I  31.91 
 
 
285 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4721  endonuclease I  32 
 
 
617 aa  60.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4761  Endonuclease I  31.9 
 
 
341 aa  60.8  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0283458  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001088  endonuclease I  30 
 
 
538 aa  60.5  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2748  endonuclease I  26.81 
 
 
211 aa  58.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4723  endonuclease I  30.36 
 
 
614 aa  58.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04827  ribonuclease  30 
 
 
539 aa  58.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01224  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  26.88 
 
 
1346 aa  57.8  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10308  putative secreted ribonuclease  32.1 
 
 
365 aa  56.6  0.0000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.659111  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4257  endonuclease I  31.62 
 
 
558 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0097  endonuclease I  31.62 
 
 
558 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3289  endonuclease I  32.03 
 
 
542 aa  54.3  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000363328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3124  ribonuclease  30.23 
 
 
275 aa  52.8  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0290634  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3370  ribonuclease  30.23 
 
 
275 aa  52.8  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3323  ribonuclease  30.23 
 
 
275 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.934207  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1907  ribonuclease  30.23 
 
 
275 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3049  endonuclease I  30.23 
 
 
275 aa  52.4  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00672798  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2634  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  29.11 
 
 
1310 aa  51.2  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1877  Endonuclease I  32.28 
 
 
388 aa  49.3  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1505  Endonuclease I  27.45 
 
 
311 aa  47.8  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.12259  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26920  endonuclease I  31.01 
 
 
256 aa  47.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1896  Endonuclease I  29.31 
 
 
272 aa  46.6  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1033  endonuclease I  30.67 
 
 
1503 aa  46.2  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.8795  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1682  Endonuclease I  27.61 
 
 
267 aa  45.8  0.0009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.497989 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf874  membrane nuclease  28.1 
 
 
314 aa  44.7  0.002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2661  Endonuclease I  28.1 
 
 
308 aa  44.3  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2313  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  48.94 
 
 
406 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>