150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3728 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  100 
 
 		 299 aa  587  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  74.58 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  66.4 
 
 		 269 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  67.06 
 
 		 279 aa  331  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  58.97 
 
 		 295 aa  315  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  57.84 
 
 		 310 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  59.93 
 
 		 288 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  65.2 
 
 		 279 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  66.02 
 
 		 272 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  55.56 
 
 		 296 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  36.19 
 
 		 290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  37.6 
 
 		 279 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  35.29 
 
 		 271 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  37.6 
 
 		 279 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  35.8 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  35.8 
 
 		 286 aa  142  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  35.08 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  34.27 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  37.35 
 
 		 285 aa  138  8.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  33.46 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  34.67 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  34.27 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  33.86 
 
 		 285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  34.38 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  34.25 
 
 		 272 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  32.02 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  32.35 
 
 		 278 aa  125  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  35.16 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  32.77 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 290 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  35.03 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  26.57 
 
 		 406 aa  70.5  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 352 aa  68.9  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.55 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  27.72 
 
 		 335 aa  65.9  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  30.31 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  30.31 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  26.51 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 391 aa  60.8  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  27.19 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  23.02 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  21.01 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  25.23 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  25.12 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  25.22 
 
 		 404 aa  57  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 362 aa  57  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  26.24 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  22.17 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  24.52 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  24.19 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  25.16 
 
 		 367 aa  55.8  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.77 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 312 aa  55.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  26.87 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  22.73 
 
 		 331 aa  55.1  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  24.19 
 
 		 284 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  29.96 
 
 		 278 aa  53.5  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 400 aa  53.5  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 263 aa  53.1  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  25.35 
 
 		 327 aa  52.8  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  25 
 
 		 377 aa  52.8  0.000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 294 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  24.43 
 
 		 483 aa  52.4  0.000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 318 aa  52  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  23.85 
 
 		 309 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 289 aa  51.6  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.73 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.73 
 
 		 308 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.73 
 
 		 308 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  20 
 
 		 379 aa  50.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  23 
 
 		 295 aa  50.8  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  23 
 
 		 295 aa  50.8  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 291 aa  50.4  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 326 aa  50.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.28 
 
 		 308 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.28 
 
 		 308 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.28 
 
 		 308 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.28 
 
 		 308 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 263 aa  49.7  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  26.88 
 
 		 373 aa  49.7  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  28 
 
 		 314 aa  49.7  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 357 aa  49.3  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  22.55 
 
 		 290 aa  49.3  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  22.79 
 
 		 318 aa  49.3  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  22.44 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  22.85 
 
 		 351 aa  48.5  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 305 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  25.19 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  26.02 
 
 		 270 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  26.36 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  27.04 
 
 		 297 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  25 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>