More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2534 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 349 aa  700    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3569  uroporphyrinogen decarboxylase  63.74 
 
 		 350 aa  446  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2936  uroporphyrinogen decarboxylase  57.35 
 
 		 350 aa  403  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2192  uroporphyrinogen decarboxylase  57.27 
 
 		 343 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3769  uroporphyrinogen decarboxylase  55.81 
 
 		 348 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.0130148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  58.33 
 
 		 348 aa  395  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.024361 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3476  uroporphyrinogen decarboxylase  57.77 
 
 		 342 aa  395  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0854  uroporphyrinogen decarboxylase  58.11 
 
 		 341 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.913792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1696  uroporphyrinogen decarboxylase  56.59 
 
 		 338 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.146484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4014  uroporphyrinogen decarboxylase  56.1 
 
 		 348 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.104329  normal  0.0629126 
 
 
-
 
NC_004310  BR2066  uroporphyrinogen decarboxylase  57.82 
 
 		 341 aa  389  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.502432  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0977  uroporphyrinogen decarboxylase  59.01 
 
 		 325 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.942428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1986  uroporphyrinogen decarboxylase  57.52 
 
 		 341 aa  385  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  57.32 
 
 		 325 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0175405 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2843  uroporphyrinogen decarboxylase  55.2 
 
 		 342 aa  378  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2705  uroporphyrinogen decarboxylase  54.44 
 
 		 344 aa  375  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2833  uroporphyrinogen decarboxylase  56.23 
 
 		 344 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0543255 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3208  uroporphyrinogen decarboxylase  56.68 
 
 		 343 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3934  uroporphyrinogen decarboxylase  56.14 
 
 		 340 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  55 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4260  uroporphyrinogen decarboxylase  56.55 
 
 		 335 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962102  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  51.78 
 
 		 343 aa  368  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2528  uroporphyrinogen decarboxylase  53.24 
 
 		 345 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4393  uroporphyrinogen decarboxylase  53.62 
 
 		 346 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  53.24 
 
 		 341 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1271  uroporphyrinogen decarboxylase  57.95 
 
 		 360 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3616  uroporphyrinogen decarboxylase  53.33 
 
 		 348 aa  363  3e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00257093  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0550  uroporphyrinogen decarboxylase  51.62 
 
 		 343 aa  360  3e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2335  uroporphyrinogen decarboxylase  51.62 
 
 		 343 aa  355  5e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.540822  normal  0.254547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0680  uroporphyrinogen decarboxylase  51.03 
 
 		 343 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3629  uroporphyrinogen decarboxylase  51.18 
 
 		 342 aa  348  7e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1039  uroporphyrinogen decarboxylase  56.98 
 
 		 357 aa  348  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4298  uroporphyrinogen decarboxylase  51.86 
 
 		 392 aa  340  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0372721 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2475  uroporphyrinogen decarboxylase  52.17 
 
 		 358 aa  339  4e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000149322  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2973  uroporphyrinogen decarboxylase  50.74 
 
 		 345 aa  335  5e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  53.09 
 
 		 361 aa  332  5e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1772  uroporphyrinogen decarboxylase  52.94 
 
 		 360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.767605  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  52.04 
 
 		 370 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.775015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1927  uroporphyrinogen decarboxylase  48.41 
 
 		 353 aa  309  5.9999999999999995e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.849644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0030  uroporphyrinogen decarboxylase  43.17 
 
 		 334 aa  293  4e-78  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.210193  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5016  uroporphyrinogen decarboxylase  46.69 
 
 		 346 aa  291  1e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.739471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0010  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  41.23 
 
 		 334 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1013  uroporphyrinogen decarboxylase  42.9 
 
 		 340 aa  270  2e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1028  uroporphyrinogen decarboxylase  42.86 
 
 		 338 aa  269  5e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  44.77 
 
 		 356 aa  268  7e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  42.58 
 
 		 369 aa  264  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  44.67 
 
 		 352 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  44.57 
 
 		 363 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  43.03 
 
 		 353 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1268  uroporphyrinogen decarboxylase  40.12 
 
 		 340 aa  260  3e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  43.89 
 
 		 367 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3303  uroporphyrinogen decarboxylase  44.72 
 
 		 364 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0163615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  43.66 
 
 		 354 aa  259  6e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4264  uroporphyrinogen decarboxylase  42.08 
 
 		 369 aa  258  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  42.73 
 
 		 352 aa  258  1e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  43.18 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0483  uroporphyrinogen decarboxylase  39.57 
 
 		 340 aa  257  2e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.258594  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  44.15 
 
 		 354 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  42.69 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  39.26 
 
 		 340 aa  256  6e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  44.7 
 
 		 392 aa  256  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  44.41 
 
 		 364 aa  255  9e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3174  uroporphyrinogen decarboxylase  43.61 
 
 		 367 aa  255  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336159  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1379  uroporphyrinogen decarboxylase  39.26 
 
 		 340 aa  254  1.0000000000000001e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  42.73 
 
 		 355 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0529  uroporphyrinogen decarboxylase  40.06 
 
 		 340 aa  254  1.0000000000000001e-66  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  41.98 
 
 		 354 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  42.27 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  44.57 
 
 		 366 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  44.02 
 
 		 351 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  44.13 
 
 		 364 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0566  uroporphyrinogen decarboxylase  41.76 
 
 		 370 aa  253  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  42.27 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  44.29 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  44.13 
 
 		 364 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3491  uroporphyrinogen decarboxylase  42.57 
 
 		 367 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000153179  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1580  uroporphyrinogen decarboxylase  44.13 
 
 		 364 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  44.13 
 
 		 364 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  44.13 
 
 		 364 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0170  uroporphyrinogen decarboxylase  44.13 
 
 		 405 aa  252  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  42.78 
 
 		 372 aa  252  6e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  42.44 
 
 		 355 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  42.44 
 
 		 355 aa  252  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  44.13 
 
 		 405 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  41.4 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1818  uroporphyrinogen decarboxylase  42.52 
 
 		 402 aa  251  1e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  42.18 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  41.98 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  43.07 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0377  uroporphyrinogen decarboxylase  42.52 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00215009  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3134  uroporphyrinogen decarboxylase  41.76 
 
 		 370 aa  251  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3023  uroporphyrinogen decarboxylase  43.71 
 
 		 378 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0363  uroporphyrinogen decarboxylase  40.98 
 
 		 369 aa  249  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178148  normal  0.394936 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  42.65 
 
 		 357 aa  249  7e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1456  uroporphyrinogen decarboxylase  40.43 
 
 		 343 aa  249  7e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  42.73 
 
 		 355 aa  249  7e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  43.84 
 
 		 392 aa  248  8e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  40.88 
 
 		 354 aa  248  8e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0010  uroporphyrinogen decarboxylase  41.76 
 
 		 370 aa  248  9e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.717373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  41.91 
 
 		 366 aa  248  9e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>