More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2077 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 238 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  75.33 
 
 		 241 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  69.33 
 
 		 242 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  65.78 
 
 		 236 aa  318  3.9999999999999996e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  67.12 
 
 		 254 aa  315  4e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  68.02 
 
 		 247 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  67.12 
 
 		 246 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 248 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 248 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  64.53 
 
 		 242 aa  305  6e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  65.09 
 
 		 239 aa  300  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 239 aa  299  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  67.12 
 
 		 250 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  64.41 
 
 		 249 aa  291  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  61.99 
 
 		 251 aa  291  8e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  67.57 
 
 		 248 aa  290  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  62.44 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  64.52 
 
 		 246 aa  285  4e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  61.71 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  60.43 
 
 		 249 aa  282  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  61.54 
 
 		 275 aa  279  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  59.83 
 
 		 263 aa  278  5e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  60.44 
 
 		 275 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  58.37 
 
 		 260 aa  267  8.999999999999999e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  57.21 
 
 		 258 aa  263  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  60.55 
 
 		 254 aa  261  4.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  70.86 
 
 		 209 aa  261  6e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  55.2 
 
 		 265 aa  254  8e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  55.41 
 
 		 254 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 226 aa  247  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  54.74 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  55.98 
 
 		 257 aa  246  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  51.98 
 
 		 243 aa  242  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  61.38 
 
 		 203 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  50.45 
 
 		 273 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  52.75 
 
 		 255 aa  231  9e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  50.23 
 
 		 246 aa  216  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  46.26 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  46.85 
 
 		 272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  50.89 
 
 		 230 aa  207  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  58.05 
 
 		 196 aa  206  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  45.5 
 
 		 223 aa  188  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  42.01 
 
 		 230 aa  186  4e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  40.37 
 
 		 224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  39.27 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  42.53 
 
 		 226 aa  171  9e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  45.49 
 
 		 253 aa  170  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  40.65 
 
 		 253 aa  166  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  38.29 
 
 		 228 aa  162  6e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  37.07 
 
 		 275 aa  160  1e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 272 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  39.62 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  41.31 
 
 		 232 aa  159  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  35.37 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  54.33 
 
 		 138 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  40.54 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 241 aa  145  6e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 236 aa  142  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  35.32 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 221 aa  138  7e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  33.95 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  31.31 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  34.68 
 
 		 229 aa  134  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  37.09 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  35.89 
 
 		 233 aa  133  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  34.55 
 
 		 227 aa  132  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  36.84 
 
 		 230 aa  132  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  39.05 
 
 		 242 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  37 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  38.12 
 
 		 244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  36.06 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  35.1 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  41.14 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  35.78 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  40.39 
 
 		 253 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 227 aa  129  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  37.13 
 
 		 225 aa  129  5.0000000000000004e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  45.8 
 
 		 162 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  129  6e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  34.12 
 
 		 231 aa  128  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 224 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 222 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  34.76 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  34.62 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>