More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2549 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  100 
 
 
227 aa  453  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  66.22 
 
 
233 aa  306  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  62.33 
 
 
230 aa  290  1e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  61.43 
 
 
226 aa  289  3e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  61.67 
 
 
226 aa  285  5e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  60.36 
 
 
225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  60.36 
 
 
225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  60.36 
 
 
225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  59.91 
 
 
225 aa  271  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  60.36 
 
 
225 aa  271  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  59.91 
 
 
225 aa  270  1e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  59.46 
 
 
225 aa  269  2e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  59.01 
 
 
225 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  59.01 
 
 
225 aa  268  4e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 
236 aa  249  3e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  58.74 
 
 
229 aa  246  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  54.19 
 
 
235 aa  239  2.9999999999999997e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  53.1 
 
 
232 aa  236  2e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  49.1 
 
 
229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  55.19 
 
 
227 aa  231  7.000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  46.85 
 
 
229 aa  229  3e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  49.55 
 
 
229 aa  228  5e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 
233 aa  226  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0983  DNA repair protein RadC  68.55 
 
 
231 aa  224  6e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 
227 aa  223  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  50.9 
 
 
227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  49.55 
 
 
228 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  55.72 
 
 
206 aa  218  7.999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  48.7 
 
 
230 aa  216  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  48.66 
 
 
228 aa  214  7e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  49.34 
 
 
229 aa  214  8e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 
228 aa  214  9e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  49.32 
 
 
241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  47.32 
 
 
228 aa  208  5e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  48.02 
 
 
229 aa  207  8e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  46.02 
 
 
227 aa  206  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4541  DNA repair protein  56.74 
 
 
186 aa  206  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  47.3 
 
 
222 aa  204  6e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  46.22 
 
 
231 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  46.22 
 
 
231 aa  204  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  47.75 
 
 
227 aa  202  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  45.7 
 
 
229 aa  202  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  45.7 
 
 
228 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  47.3 
 
 
227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  42.67 
 
 
232 aa  198  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  44.39 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  46.64 
 
 
234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  48.42 
 
 
233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3170  DNA repair protein RadC  53.98 
 
 
185 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0767  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 
233 aa  194  9e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  42.99 
 
 
231 aa  194  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 
222 aa  192  5e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  44.5 
 
 
245 aa  191  1e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  44.59 
 
 
223 aa  188  5e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 
222 aa  186  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  42.34 
 
 
222 aa  182  3e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  41.44 
 
 
223 aa  179  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  44.91 
 
 
213 aa  178  4.999999999999999e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  42.34 
 
 
223 aa  178  8e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  43.84 
 
 
215 aa  176  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  42.15 
 
 
223 aa  175  5e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  43.24 
 
 
224 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  43.78 
 
 
222 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1225  truncated DNA repair protein RadC  46.33 
 
 
184 aa  171  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.247593  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  42.79 
 
 
224 aa  170  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  40.65 
 
 
222 aa  170  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  38.86 
 
 
226 aa  169  3e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  43.64 
 
 
223 aa  168  6e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  40.09 
 
 
224 aa  167  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 
224 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 
223 aa  167  1e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  37.39 
 
 
224 aa  166  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 
224 aa  165  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 
224 aa  165  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 
224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  39.64 
 
 
223 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  39.63 
 
 
233 aa  164  8e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 
224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  41.44 
 
 
224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 
224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  40.69 
 
 
243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  39.64 
 
 
224 aa  163  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2667  DNA repair protein RadC  39.13 
 
 
243 aa  162  3e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.581751 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  40.62 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 
224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1095  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 
217 aa  161  6e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.912816  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 
243 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1752  DNA repair protein RadC  43.5 
 
 
184 aa  160  1e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.351254  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 
224 aa  160  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1718  DNA repair protein RadC  43.5 
 
 
184 aa  160  1e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 
243 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  39.64 
 
 
224 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  34.68 
 
 
225 aa  159  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0630  DNA repair protein RadC  39.29 
 
 
229 aa  159  3e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0302  DNA repair protein RadC  42.98 
 
 
225 aa  159  3e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 
224 aa  159  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2739  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 
225 aa  159  4e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  37.21 
 
 
232 aa  159  5e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 
221 aa  158  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>