252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2069 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 355 aa  714    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  48.91 
 
 		 311 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  48.89 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  39.94 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  38.85 
 
 		 327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  42.7 
 
 		 346 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  40.46 
 
 		 357 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  41.26 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  37.37 
 
 		 355 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  37.37 
 
 		 355 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  40.85 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  36.33 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  40.49 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  38.66 
 
 		 351 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  39.19 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  37.69 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  39.23 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  37.4 
 
 		 361 aa  143  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  36.16 
 
 		 364 aa  142  7e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  35.51 
 
 		 355 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  33.45 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  36.76 
 
 		 348 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  34.78 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  35.02 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  33.46 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  30.96 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  29.39 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  30.47 
 
 		 310 aa  126  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  30.14 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  33.94 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  29.05 
 
 		 316 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  29.39 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.71 
 
 		 280 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  30.97 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  30.34 
 
 		 285 aa  109  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  34.34 
 
 		 280 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  28.71 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  35.2 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  31.19 
 
 		 278 aa  108  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  33.83 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  30.88 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  29.05 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.57 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.64 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  29.78 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.64 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  29.91 
 
 		 277 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  27.15 
 
 		 302 aa  104  3e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  26.82 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  35.32 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  27.06 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  30.53 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  30.85 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  30.22 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  31.6 
 
 		 302 aa  100  5e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  30.04 
 
 		 313 aa  100  5e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  32.52 
 
 		 278 aa  100  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  29.74 
 
 		 293 aa  99.8  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  25.93 
 
 		 302 aa  99.8  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  30.69 
 
 		 310 aa  99.4  9e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.21 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  30 
 
 		 325 aa  98.6  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  29.6 
 
 		 293 aa  98.2  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  35.11 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  30.14 
 
 		 292 aa  97.8  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  33.16 
 
 		 268 aa  97.4  4e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  30.5 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  31.29 
 
 		 575 aa  97.4  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  28.3 
 
 		 325 aa  96.3  8e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  31.58 
 
 		 330 aa  95.5  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  31.78 
 
 		 279 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  30.17 
 
 		 335 aa  95.5  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  32.67 
 
 		 289 aa  91.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  28.57 
 
 		 312 aa  91.3  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  29.24 
 
 		 313 aa  91.3  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  28.57 
 
 		 312 aa  90.9  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  27.16 
 
 		 310 aa  89.7  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  31.55 
 
 		 279 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  32.47 
 
 		 304 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  32.95 
 
 		 279 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  30.29 
 
 		 279 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  33.62 
 
 		 331 aa  87.8  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  28.39 
 
 		 286 aa  87.4  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  30.93 
 
 		 326 aa  86.7  6e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  31.19 
 
 		 279 aa  86.3  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  28.29 
 
 		 300 aa  86.3  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  29.57 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  31.13 
 
 		 282 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  27.46 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  30.98 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.63 
 
 		 286 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  28.45 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  29.88 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  31.13 
 
 		 282 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  28.9 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  31.13 
 
 		 282 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  30.98 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  29.48 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.19 
 
 		 281 aa  84  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  31.1 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>