More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0034 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001308  ANIA_00809  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q873Q6]  41.97 
 
 
1745 aa  669    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0591405  normal  0.0228147 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2161  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.6 
 
 
880 aa  911    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.110333  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1203  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  81.68 
 
 
880 aa  1508    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0702  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  57.47 
 
 
884 aa  1063    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00638403  hitchhiker  0.00894808 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2322  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  57.59 
 
 
884 aa  1067    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0946262  hitchhiker  0.0000535013 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1161  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  51.63 
 
 
889 aa  894    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1090  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  53.03 
 
 
895 aa  940    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000457669  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0314  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.79 
 
 
882 aa  910    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.53282  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26100  predicted protein  42.4 
 
 
1646 aa  659    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.490738  normal  0.061037 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0789  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.3 
 
 
888 aa  936    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.804481  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03720  DNA-directed RNA polymerase ii largest subunit, putative  40.92 
 
 
1786 aa  654    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3692  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  54.06 
 
 
880 aa  956    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.127113 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_75374  DNA-directed RNA polymerase II largest subunit (RNA polymerase II subunit 1) (B220)  42.22 
 
 
1739 aa  649    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_24022  predicted protein  39.59 
 
 
1395 aa  660    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000888169  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.64 
 
 
1263 aa  956    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0105  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  46.67 
 
 
975 aa  802    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.811343 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1310  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.53 
 
 
889 aa  954    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  47.67 
 
 
974 aa  837    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0185  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  55.2 
 
 
889 aa  1013    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.144445 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2152  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  47.62 
 
 
976 aa  842    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.511073  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0052  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.24 
 
 
886 aa  907    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.421691 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1932  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.04 
 
 
879 aa  898    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.413115  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  56.67 
 
 
884 aa  1063    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0180439  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2092  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  57.29 
 
 
884 aa  1070    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1177  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.96 
 
 
883 aa  944    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.000000130646  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66237  DNA-directed RNA polymerase III subunit C1 (RPO31)  39.36 
 
 
1448 aa  643    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0300  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.79 
 
 
882 aa  910    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.814827  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0513  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  46.85 
 
 
972 aa  833    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0782  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52 
 
 
1013 aa  734    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0720962  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0034  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  100 
 
 
886 aa  1824    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000287475  normal  0.0408299 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0029  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  54.05 
 
 
876 aa  952    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.358518  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0673  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  51.35 
 
 
889 aa  938    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.657483  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0215  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.69 
 
 
889 aa  954    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  59.86 
 
 
888 aa  1118    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0608  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  52.53 
 
 
889 aa  956    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10316  hypothetical protein similar to RNA polymerase III (Broad)  37.63 
 
 
1445 aa  628  1e-178  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15555  predicted protein  40.36 
 
 
1706 aa  624  1e-177  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF00390  DNA-directed RNA polymerase iii largest subunit, putative  39.33 
 
 
1466 aa  619  1e-176  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.297029  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42100  rna polymerase C 157 kDa  39.55 
 
 
1281 aa  614  9.999999999999999e-175  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_73507  alpha subunit of RNA polymerase I  38.16 
 
 
1644 aa  362  2e-98  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.305254 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43496  predicted protein  34.94 
 
 
1663 aa  346  1e-93  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0622972  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND03140  conserved hypothetical protein  32.44 
 
 
1727 aa  330  6e-89  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2718  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  30.96 
 
 
1212 aa  277  6e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.82 
 
 
1204 aa  274  5.000000000000001e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00687501  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.42 
 
 
1203 aa  272  2e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5202  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.77 
 
 
1203 aa  272  2e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000165097  unclonable  1.46015e-23 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.77 
 
 
1203 aa  272  2e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0611195  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.42 
 
 
1194 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00902184  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.47 
 
 
1203 aa  270  7e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00223812  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0124  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.47 
 
 
1203 aa  270  7e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00422887  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.47 
 
 
1203 aa  270  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0134  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.47 
 
 
1203 aa  270  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000348699  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.42 
 
 
1203 aa  269  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0115  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.42 
 
 
1203 aa  269  1e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  9.839749999999999e-57 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0805  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.06 
 
 
1163 aa  269  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000908086  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0208  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  30.63 
 
 
1185 aa  268  4e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00134006  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.43 
 
 
1157 aa  264  6e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000858214  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.39 
 
 
1169 aa  262  2e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00151961  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0975  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  29.29 
 
 
1427 aa  262  3e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00330358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  30.33 
 
 
1155 aa  261  6e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00696954  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0104  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.49 
 
 
1199 aa  260  1e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000439156  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0476  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  27.94 
 
 
1690 aa  258  3e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0187  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  28.57 
 
 
1218 aa  258  4e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00978383  normal  0.014525 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0510  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  27.74 
 
 
1517 aa  257  6e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.619744  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0354  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  27.83 
 
 
1507 aa  257  8e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0499991  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0529  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  27.74 
 
 
1517 aa  256  9e-67  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0461  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  27.94 
 
 
1690 aa  256  9e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0100  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.37 
 
 
1199 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1531  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  30 
 
 
1174 aa  256  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00270247  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1169  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  30.87 
 
 
1475 aa  254  5.000000000000001e-66  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00437832  unclonable  0.000000255692 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01100  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  28.38 
 
 
1165 aa  253  1e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000289877  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2725  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  27.65 
 
 
1165 aa  251  3e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0213072  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0482  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  30.31 
 
 
1323 aa  251  3e-65  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1980  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  27.39 
 
 
1207 aa  251  6e-65  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3445  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  28.31 
 
 
1406 aa  250  7e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.638126  hitchhiker  0.00045796 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1944  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  30.86 
 
 
1436 aa  250  9e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28.57 
 
 
1216 aa  249  1e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.14 
 
 
1164 aa  249  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28.32 
 
 
1390 aa  249  1e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3686  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28.41 
 
 
1255 aa  249  2e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28.82 
 
 
1223 aa  249  2e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000001636 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2948  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  31.31 
 
 
1317 aa  248  3e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0472  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  29.02 
 
 
1427 aa  248  3e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0450  DNA-directed RNA polymerase, beta' chain  29.71 
 
 
1517 aa  248  3e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19900  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.7 
 
 
1463 aa  248  3e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4675  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  28.67 
 
 
1445 aa  248  4.9999999999999997e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0479992 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.92 
 
 
1404 aa  248  4.9999999999999997e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.106515  hitchhiker  0.000290972 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0279  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  30 
 
 
1175 aa  247  6.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000274196  decreased coverage  0.0000517957 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0501  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  28.93 
 
 
1649 aa  247  9e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06180  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28 
 
 
1399 aa  247  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0580  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.64 
 
 
1207 aa  246  9.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0336645  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0964  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.88 
 
 
1345 aa  246  9.999999999999999e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29 
 
 
1423 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000939662 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0566  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.64 
 
 
1207 aa  246  9.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.218097  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0569  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28.7 
 
 
1404 aa  246  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.870967 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1491  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  29.93 
 
 
1211 aa  246  1.9999999999999999e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2865  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  27.47 
 
 
1401 aa  246  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.346532  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0184  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  30.5 
 
 
1207 aa  245  3e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0118718  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0918  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28.38 
 
 
1292 aa  245  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.500947  normal  0.508605 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1374  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28.14 
 
 
1233 aa  245  3e-63  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>