More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_75374 on replicon NC_009068
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001308  ANIA_00809  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q873Q6]  58.83 
 
 
1745 aa  2032    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0591405  normal  0.0228147 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1203  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.88 
 
 
880 aa  680    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26100  predicted protein  54.52 
 
 
1646 aa  1795    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.490738  normal  0.061037 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0789  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  42.38 
 
 
888 aa  670    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.804481  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03720  DNA-directed RNA polymerase ii largest subunit, putative  57.1 
 
 
1786 aa  2012    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2161  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.87 
 
 
880 aa  670    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.110333  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0314  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  42.12 
 
 
882 aa  675    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.53282  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0185  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  40.89 
 
 
889 aa  644    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.144445 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3692  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  43.29 
 
 
880 aa  696    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.127113 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1090  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  40.7 
 
 
895 aa  655    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000457669  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2322  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.16 
 
 
884 aa  659    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0946262  hitchhiker  0.0000535013 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1161  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.75 
 
 
889 aa  669    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0052  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.54 
 
 
886 aa  657    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.421691 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1932  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.18 
 
 
879 aa  669    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.413115  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1177  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  42.22 
 
 
883 aa  693    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.000000130646  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0215  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.15 
 
 
889 aa  661    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2152  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  40 
 
 
976 aa  654    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.511073  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  40.04 
 
 
974 aa  650    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0300  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  42.12 
 
 
882 aa  675    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.814827  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15555  predicted protein  51.46 
 
 
1706 aa  1692    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66237  DNA-directed RNA polymerase III subunit C1 (RPO31)  35.63 
 
 
1448 aa  781    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0029  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  43.28 
 
 
876 aa  706    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.358518  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1310  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.38 
 
 
889 aa  665    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  40.48 
 
 
1263 aa  642    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_75374  DNA-directed RNA polymerase II largest subunit (RNA polymerase II subunit 1) (B220)  100 
 
 
1739 aa  3603    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0608  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  41.44 
 
 
889 aa  663    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  46.14 
 
 
888 aa  736    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0702  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  40.82 
 
 
884 aa  661    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00638403  hitchhiker  0.00894808 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2092  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  40.74 
 
 
884 aa  665    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0034  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  42.22 
 
 
886 aa  676    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000287475  normal  0.0408299 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  40.38 
 
 
884 aa  661    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0180439  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0673  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  42.05 
 
 
889 aa  663    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.657483  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0513  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  38.98 
 
 
972 aa  630  1e-179  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_24022  predicted protein  39.46 
 
 
1395 aa  617  1e-175  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000888169  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10316  hypothetical protein similar to RNA polymerase III (Broad)  37.81 
 
 
1445 aa  615  9.999999999999999e-175  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00390  DNA-directed RNA polymerase iii largest subunit, putative  39.27 
 
 
1466 aa  604  1.0000000000000001e-171  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.297029  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42100  rna polymerase C 157 kDa  39.37 
 
 
1281 aa  580  1.0000000000000001e-163  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0105  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  43.66 
 
 
975 aa  573  1e-161  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.811343 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0782  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  43.09 
 
 
1013 aa  572  1e-161  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0720962  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03140  conserved hypothetical protein  33.74 
 
 
1727 aa  386  1e-105  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43496  predicted protein  35.94 
 
 
1663 aa  375  1e-102  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0622972  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_73507  alpha subunit of RNA polymerase I  29.82 
 
 
1644 aa  353  2e-95  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.305254 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0208  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.36 
 
 
1185 aa  234  7.000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00134006  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0279  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.08 
 
 
1175 aa  233  3e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000274196  decreased coverage  0.0000517957 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0805  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.23 
 
 
1163 aa  227  2e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000908086  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25 
 
 
1181 aa  223  1.9999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0020825  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1980  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.92 
 
 
1207 aa  223  1.9999999999999999e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01100  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  24.6 
 
 
1165 aa  223  1.9999999999999999e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000289877  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  28.55 
 
 
1164 aa  222  5e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1089  DNA-directed RNA polymerase, subunit A''  35.49 
 
 
516 aa  220  2e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.181625  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.52 
 
 
1155 aa  219  4e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00696954  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.15 
 
 
1453 aa  219  4e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.213662  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1844  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.28 
 
 
1212 aa  219  5e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.06 
 
 
1204 aa  218  9e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00687501  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0187  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  24.92 
 
 
1218 aa  216  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00978383  normal  0.014525 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0184  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.7 
 
 
1207 aa  215  4.9999999999999996e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0118718  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.64 
 
 
1223 aa  215  5.999999999999999e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000001636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0317  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  25.65 
 
 
1401 aa  214  1e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0457997  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2725  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.23 
 
 
1165 aa  214  1e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0213072  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0231  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.45 
 
 
1384 aa  213  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0030  DNA-directed RNA polymerase subunit A''  35.02 
 
 
384 aa  213  2e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0529  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  25.09 
 
 
1517 aa  212  4e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0510  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  25.09 
 
 
1517 aa  212  4e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.619744  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1531  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  26.9 
 
 
1174 aa  212  6e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00270247  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0681  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  27.61 
 
 
1293 aa  211  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17240  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.18 
 
 
1298 aa  211  1e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.668227  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0175  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  26.14 
 
 
1504 aa  210  2e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.494041  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1040  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.19 
 
 
1398 aa  209  3e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.11734  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4768  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.37 
 
 
1406 aa  209  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0581  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.92 
 
 
1290 aa  209  5e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.106587  normal  0.0166429 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2721  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.49 
 
 
1178 aa  209  5e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2407  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.49 
 
 
1178 aa  209  5e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119214  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0841  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  26.67 
 
 
1412 aa  208  7e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0321  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  25.8 
 
 
1384 aa  208  8e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.41 
 
 
1154 aa  208  9e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29820  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.76 
 
 
1293 aa  208  9e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.759386 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl597  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  27.45 
 
 
1254 aa  207  1e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0709  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  26.68 
 
 
1408 aa  207  1e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0491  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  25.8 
 
 
1387 aa  207  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.418515  hitchhiker  0.00000215542 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1191  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  26.84 
 
 
1651 aa  207  2e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0120631  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0452  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.77 
 
 
1426 aa  207  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  26.28 
 
 
1290 aa  206  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4476  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.74 
 
 
1407 aa  206  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.74 
 
 
1407 aa  206  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4529  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.74 
 
 
1407 aa  206  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5454  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.74 
 
 
1407 aa  206  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00336905 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4037  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.74 
 
 
1407 aa  206  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0134963 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.74 
 
 
1407 aa  206  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.47 
 
 
1423 aa  206  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000939662 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03817  hypothetical protein  24.86 
 
 
1407 aa  206  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4007  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  24.94 
 
 
1407 aa  205  5e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1202  DNA-directed RNA polymerase, subunit A''  32.66 
 
 
392 aa  205  5e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.551072  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0788  DNA-directed RNA polymerase subunit A''  33.5 
 
 
397 aa  205  5e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4436  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.74 
 
 
1407 aa  204  8e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000514009 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0198  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.83 
 
 
1407 aa  205  8e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.329486  normal  0.063927 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  24.81 
 
 
1400 aa  205  8e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  27.26 
 
 
1216 aa  203  1.9999999999999998e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1485  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.28 
 
 
1427 aa  203  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.614048  normal  0.379046 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3154  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.94 
 
 
1296 aa  204  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4487  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  25.14 
 
 
1407 aa  202  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000604507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>