More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0472 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.91 
 
 		 1407 aa  1416    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4007  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  50.91 
 
 		 1407 aa  1415    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0588  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.61 
 
 		 1396 aa  1319    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0448  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.24 
 
 		 1399 aa  1399    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.402854  unclonable  0.0000011362 
 
 
-
 
NC_002950  PG0395  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.23 
 
 		 1433 aa  1339    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2420  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.97 
 
 		 1424 aa  1311    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00279093  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0184  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.81 
 
 		 1207 aa  1070    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0118718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.74 
 
 		 1400 aa  1410    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'  47.06 
 
 		 2837 aa  1285    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3033  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.43 
 
 		 1409 aa  1391    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.188142  hitchhiker  0.00329895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.29 
 
 		 1203 aa  1093    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00223812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4768  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.29 
 
 		 1406 aa  1388    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0529  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  40.72 
 
 		 1517 aa  1106    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.74 
 
 		 1216 aa  1027    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1242  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.26 
 
 		 1400 aa  1406    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.2 
 
 		 1405 aa  1412    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  49.79 
 
 		 1399 aa  1380    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354282  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.39 
 
 		 1203 aa  1099    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.29 
 
 		 1203 aa  1092    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl597  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  42.46 
 
 		 1254 aa  860    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.29 
 
 		 1203 aa  1092    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2640  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.07 
 
 		 1412 aa  1380    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0388  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.97 
 
 		 1401 aa  1412    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0363  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.71 
 
 		 1401 aa  1408    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4554  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.93 
 
 		 1399 aa  1379    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0397479 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1886  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.24 
 
 		 1406 aa  1359    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.315745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.08 
 
 		 1403 aa  1368    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267546  hitchhiker  0.00189389 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2653  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.8 
 
 		 1291 aa  823    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229065  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.21 
 
 		 1415 aa  1390    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0170  DNA-directed RNA polymerase  48.1 
 
 		 1410 aa  1300    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0399  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.42 
 
 		 1398 aa  1382    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.589703  normal  0.0776208 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1351  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.67 
 
 		 1399 aa  1385    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.221368 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3785  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.07 
 
 		 1412 aa  1380    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2330  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.49 
 
 		 1403 aa  1430    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000376079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5085  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.93 
 
 		 1399 aa  1387    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00230086  normal  0.866295 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.43 
 
 		 1415 aa  1393    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0695  RNA polymerase, beta prime subunit  52.87 
 
 		 1396 aa  1452    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3440  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50 
 
 		 1414 aa  1375    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.19828  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1961  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.08 
 
 		 1498 aa  1324    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.98666 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0358  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.46 
 
 		 1502 aa  1333    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0620  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  52.48 
 
 		 1392 aa  1453    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.7637000000000004e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2998  DNA-directed RNA polymerase., acetylornithine deacetylase  51.13 
 
 		 1386 aa  1433    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0289  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50 
 
 		 1408 aa  1401    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000201644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.4 
 
 		 1194 aa  1092    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00902184  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0354  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  49.49 
 
 		 1503 aa  1007    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.64 
 
 		 1408 aa  1392    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0071  DNA-directed RNA polymerase beta' subunit  41.89 
 
 		 1255 aa  853    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2694  DNA-directed RNA polymerase  51.24 
 
 		 1393 aa  1404    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.33 
 
 		 1164 aa  1131    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3075  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.75 
 
 		 1412 aa  1376    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1593  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  51.73 
 
 		 1394 aa  1438    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0574  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.04 
 
 		 1295 aa  822    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2286  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.61 
 
 		 1400 aa  1386    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.604145 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0023  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.94 
 
 		 1427 aa  1393    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269767  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0677  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  48.34 
 
 		 1375 aa  1305    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.347752  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0951  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.78 
 
 		 1410 aa  1287    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0569  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.51 
 
 		 1404 aa  1390    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.870967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3591  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.82 
 
 		 1405 aa  1325    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.151123  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0925  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.54 
 
 		 1410 aa  1369    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.15771  hitchhiker  0.00023271 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3457  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.53 
 
 		 1401 aa  1381    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.416565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0273  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.57 
 
 		 1409 aa  1404    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0012908  unclonable  0.000000465088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4441  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.04 
 
 		 1408 aa  1325    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.317154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0307  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.11 
 
 		 1412 aa  1386    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0164  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.57 
 
 		 1410 aa  1405    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.564754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.93 
 
 		 1400 aa  1385    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0226545  normal  0.686552 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.94 
 
 		 1405 aa  1407    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0443299  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1532  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.46 
 
 		 1399 aa  1376    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2176  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.32 
 
 		 1399 aa  1357    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.120941 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3333  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.82 
 
 		 1413 aa  1381    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.762028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0503  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.06 
 
 		 1408 aa  1389    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.630998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4675  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  52.63 
 
 		 1445 aa  1456    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0479992 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0235  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.64 
 
 		 1410 aa  1382    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0585906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1485  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.94 
 
 		 1427 aa  1390    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.614048  normal  0.379046 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2766  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.89 
 
 		 1413 aa  1379    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0599  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.11 
 
 		 1395 aa  1410    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.275775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1818  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.68 
 
 		 1399 aa  1367    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3168  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.19 
 
 		 1438 aa  1333    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.694613 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2721  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50 
 
 		 1178 aa  1110    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2407  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50 
 
 		 1178 aa  1110    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119214  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1564  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.18 
 
 		 1420 aa  1421    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.58 
 
 		 1405 aa  1416    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.508945  hitchhiker  0.0000984081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.34 
 
 		 1405 aa  1417    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0790536  decreased coverage  0.000914175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0452  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.56 
 
 		 1426 aa  1415    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0142  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.3 
 
 		 1408 aa  1407    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0021761  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.15 
 
 		 1181 aa  1106    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0020825  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1801  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.5 
 
 		 1405 aa  1383    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.669394  normal  0.126804 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0260  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.96 
 
 		 1413 aa  1380    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08780  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.36 
 
 		 1399 aa  1420    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0182127 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1980  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.76 
 
 		 1207 aa  1018    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1374  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.34 
 
 		 1233 aa  1038    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.84 
 
 		 1223 aa  1028    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000001636 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1824  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.62 
 
 		 1220 aa  1005    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1844  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.99 
 
 		 1212 aa  996    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0341  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.89 
 
 		 1413 aa  1379    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1550  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  52.55 
 
 		 1351 aa  1447    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0841  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  51.71 
 
 		 1412 aa  1404    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.27 
 
 		 1405 aa  1415    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.314811  hitchhiker  0.00000822489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0300  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.62 
 
 		 1304 aa  842    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801112 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1314  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  50.71 
 
 		 1508 aa  1033    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.192616  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0674  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  51.23 
 
 		 1409 aa  1440    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0573556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>