More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_1531 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.84 
 
 
1407 aa  1151    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4007  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  54.84 
 
 
1407 aa  1149    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0588  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.85 
 
 
1396 aa  1105    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0448  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.29 
 
 
1399 aa  1191    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.402854  unclonable  0.0000011362 
 
 
-
 
NC_002950  PG0395  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.22 
 
 
1433 aa  1076    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2420  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.3 
 
 
1424 aa  1117    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00279093  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0184  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  63.89 
 
 
1207 aa  1546    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0118718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.2 
 
 
1400 aa  1178    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3033  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.45 
 
 
1409 aa  1143    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.188142  hitchhiker  0.00329895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  66.36 
 
 
1203 aa  1623    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00223812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4768  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.51 
 
 
1406 aa  1153    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.26 
 
 
1216 aa  1474    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1242  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.44 
 
 
1400 aa  1140    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.36 
 
 
1405 aa  1145    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  54.1 
 
 
1399 aa  1190    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354282  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  66.36 
 
 
1203 aa  1631    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  66.36 
 
 
1203 aa  1623    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl597  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  50.64 
 
 
1254 aa  1185    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  66.36 
 
 
1203 aa  1623    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2640  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.17 
 
 
1412 aa  1157    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0388  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.17 
 
 
1401 aa  1198    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0363  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.17 
 
 
1401 aa  1197    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4554  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.1 
 
 
1399 aa  1190    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0397479 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1886  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.8 
 
 
1406 aa  1118    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.315745  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.38 
 
 
1403 aa  1149    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267546  hitchhiker  0.00189389 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2653  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.68 
 
 
1291 aa  1215    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229065  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.35 
 
 
1415 aa  1148    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0399  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.05 
 
 
1398 aa  1154    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.589703  normal  0.0776208 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1351  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.44 
 
 
1399 aa  1118    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.221368 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3785  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.17 
 
 
1412 aa  1157    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2330  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.77 
 
 
1403 aa  1181    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000376079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5085  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.46 
 
 
1399 aa  1187    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00230086  normal  0.866295 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.78 
 
 
1415 aa  1155    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0695  RNA polymerase, beta prime subunit  58.62 
 
 
1396 aa  1188    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3440  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.6 
 
 
1414 aa  1152    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.19828  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0620  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  58.24 
 
 
1392 aa  1194    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  2.7637000000000004e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2998  DNA-directed RNA polymerase., acetylornithine deacetylase  56.92 
 
 
1386 aa  1156    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0289  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.91 
 
 
1408 aa  1150    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000201644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  66.69 
 
 
1194 aa  1622    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00902184  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.74 
 
 
1408 aa  1165    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0071  DNA-directed RNA polymerase beta' subunit  48.2 
 
 
1255 aa  1133    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2694  DNA-directed RNA polymerase  58.78 
 
 
1393 aa  1179    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  74.49 
 
 
1164 aa  1789    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3075  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.79 
 
 
1412 aa  1160    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1593  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  57.74 
 
 
1394 aa  1176    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0574  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.23 
 
 
1295 aa  1182    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2286  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.54 
 
 
1400 aa  1144    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.604145 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0023  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.39 
 
 
1427 aa  1165    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269767  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0677  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  53.82 
 
 
1375 aa  1075    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.347752  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0569  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.93 
 
 
1404 aa  1162    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.870967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3591  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55 
 
 
1405 aa  1133    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.151123  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0925  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.05 
 
 
1410 aa  1162    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.15771  hitchhiker  0.00023271 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3457  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.95 
 
 
1401 aa  1124    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.416565  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0273  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.5 
 
 
1409 aa  1169    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0012908  unclonable  0.000000465088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4441  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.66 
 
 
1408 aa  1134    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.317154  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0307  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.52 
 
 
1412 aa  1155    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188018  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0164  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.88 
 
 
1410 aa  1143    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.564754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.44 
 
 
1400 aa  1145    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0226545  normal  0.686552 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.87 
 
 
1405 aa  1153    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0443299  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1532  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.34 
 
 
1399 aa  1115    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2176  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.99 
 
 
1399 aa  1122    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.120941 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3333  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.23 
 
 
1413 aa  1147    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.762028  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0503  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.46 
 
 
1408 aa  1134    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.630998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4675  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  57.85 
 
 
1445 aa  1194    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0479992 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0235  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.78 
 
 
1410 aa  1153    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0585906  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1485  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.53 
 
 
1427 aa  1168    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.614048  normal  0.379046 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2766  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.69 
 
 
1413 aa  1155    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.64 
 
 
1315 aa  1170    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.26 
 
 
1295 aa  1145    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0599  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.43 
 
 
1395 aa  1161    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.275775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1818  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.89 
 
 
1399 aa  1148    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2721  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  67.92 
 
 
1178 aa  1668    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2407  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  67.92 
 
 
1178 aa  1668    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119214  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1564  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.9 
 
 
1420 aa  1141    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.46 
 
 
1405 aa  1147    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.508945  hitchhiker  0.0000984081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.46 
 
 
1405 aa  1148    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0790536  decreased coverage  0.000914175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0452  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.35 
 
 
1426 aa  1198    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0142  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.07 
 
 
1408 aa  1141    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0021761  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  67.97 
 
 
1181 aa  1645    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0020825  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1801  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.23 
 
 
1405 aa  1142    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.669394  normal  0.126804 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0260  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.6 
 
 
1413 aa  1155    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08780  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.38 
 
 
1399 aa  1186    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0182127 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1980  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.15 
 
 
1207 aa  1429    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1374  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.34 
 
 
1233 aa  1473    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.5 
 
 
1223 aa  1455    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000001636 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1824  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59 
 
 
1220 aa  1430    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1844  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.59 
 
 
1212 aa  1448    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2983  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.15 
 
 
1299 aa  1163    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0341  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.69 
 
 
1413 aa  1155    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1550  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  58.22 
 
 
1351 aa  1189    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108806  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0841  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  56.71 
 
 
1412 aa  1169    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.46 
 
 
1405 aa  1146    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.314811  hitchhiker  0.00000822489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0300  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.82 
 
 
1304 aa  1220    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00801112 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1314  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  55.96 
 
 
1508 aa  1070    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.192616  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0674  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  57.01 
 
 
1409 aa  1191    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0573556  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0749  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.42 
 
 
1402 aa  1168    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0676703 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.38 
 
 
1290 aa  1208    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.49 
 
 
1404 aa  1156    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.106515  hitchhiker  0.000290972 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0988  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.64 
 
 
1315 aa  1170    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.077101  normal  0.709558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3445  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  53.97 
 
 
1406 aa  1124    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.638126  hitchhiker  0.00045796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>