260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_6393 on replicon NC_010514
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010514  Mrad2831_6393  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 609 aa  1233    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  35.87 
 
 		 619 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  31.78 
 
 		 676 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4408  type III restriction enzyme, res subunit  27.76 
 
 		 976 aa  120  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2984  type III restriction protein res subunit  27.66 
 
 		 1113 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135376  normal  0.189592 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5222  type III restriction protein res subunit  27.01 
 
 		 995 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1985  type III restriction enzyme, res subunit  24.88 
 
 		 1116 aa  100  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3974  type III restriction enzyme, res subunit  27.09 
 
 		 1093 aa  97.4  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.361688  normal  0.0160055 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2131  DEAD/DEAH box helicase  26.1 
 
 		 1099 aa  91.7  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.812467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0066  type III restriction protein res subunit  27.2 
 
 		 1100 aa  90.5  9e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5781  type III restriction protein res subunit  25.75 
 
 		 978 aa  89  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0358672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  26.04 
 
 		 1077 aa  77.8  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  26.5 
 
 		 462 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  25.67 
 
 		 536 aa  74.3  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  21.76 
 
 		 459 aa  74.3  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  24.09 
 
 		 524 aa  71.6  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  23.71 
 
 		 848 aa  71.2  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  23.51 
 
 		 812 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  24.18 
 
 		 938 aa  69.7  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  24.48 
 
 		 813 aa  68.9  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  27.38 
 
 		 560 aa  68.2  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  23.65 
 
 		 815 aa  67  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  22.47 
 
 		 444 aa  66.2  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  23.6 
 
 		 797 aa  66.2  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  24.52 
 
 		 588 aa  66.2  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  23.19 
 
 		 967 aa  65.9  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  25.87 
 
 		 1348 aa  65.1  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  23.81 
 
 		 629 aa  64.3  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  22.05 
 
 		 469 aa  64.3  0.000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  28.01 
 
 		 790 aa  63.9  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  27 
 
 		 560 aa  63.5  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  26.58 
 
 		 560 aa  62.8  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  25.33 
 
 		 398 aa  62.8  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  22.92 
 
 		 1149 aa  62.4  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  24.39 
 
 		 946 aa  62.8  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  27 
 
 		 560 aa  62.4  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  24.81 
 
 		 815 aa  62.4  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  24.3 
 
 		 586 aa  60.8  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  23.35 
 
 		 590 aa  60.8  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  23.71 
 
 		 1042 aa  60.8  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  26.94 
 
 		 560 aa  60.5  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  26.94 
 
 		 560 aa  60.5  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  24.47 
 
 		 796 aa  59.7  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  22.63 
 
 		 581 aa  59.7  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  24.49 
 
 		 591 aa  59.7  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  23.96 
 
 		 804 aa  59.7  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  24.56 
 
 		 815 aa  59.3  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  24.82 
 
 		 475 aa  59.3  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  26.29 
 
 		 574 aa  58.2  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  21.63 
 
 		 952 aa  57.8  0.0000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  25.63 
 
 		 1041 aa  57.4  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  23.14 
 
 		 934 aa  57  0.0000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0366  type III restriction protein res subunit  23.5 
 
 		 1012 aa  56.6  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.64384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  22.85 
 
 		 469 aa  56.6  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  22.82 
 
 		 590 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  24.71 
 
 		 466 aa  57  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  24.91 
 
 		 956 aa  57  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  26.03 
 
 		 773 aa  56.2  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0965  excinuclease ABC, B subunit  24.02 
 
 		 699 aa  55.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  22.89 
 
 		 385 aa  56.2  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  26.07 
 
 		 928 aa  56.2  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  23.99 
 
 		 606 aa  55.8  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  22.31 
 
 		 586 aa  55.8  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  23.28 
 
 		 1031 aa  55.8  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  23.04 
 
 		 706 aa  55.5  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  25.84 
 
 		 456 aa  55.5  0.000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  21.79 
 
 		 590 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  25.85 
 
 		 601 aa  55.1  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  24.72 
 
 		 582 aa  55.1  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 		 813 aa  54.7  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  21.99 
 
 		 584 aa  54.7  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  23.21 
 
 		 1053 aa  54.3  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  24.37 
 
 		 585 aa  54.7  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  23.27 
 
 		 443 aa  54.3  0.000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  20.9 
 
 		 1065 aa  53.9  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  21.99 
 
 		 584 aa  53.9  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  23.86 
 
 		 465 aa  53.9  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  21.99 
 
 		 602 aa  53.9  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  24.03 
 
 		 974 aa  53.9  0.000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  21.07 
 
 		 643 aa  53.5  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4439  type III restriction protein res subunit  22.09 
 
 		 510 aa  53.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226232  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  24.23 
 
 		 811 aa  53.1  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  21.99 
 
 		 584 aa  53.5  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  24.3 
 
 		 586 aa  53.5  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  26.45 
 
 		 1042 aa  53.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  22.43 
 
 		 760 aa  52.8  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  21.29 
 
 		 967 aa  52.8  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  26.55 
 
 		 560 aa  53.1  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  22.43 
 
 		 760 aa  52.8  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  23.24 
 
 		 1051 aa  52.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  26.55 
 
 		 560 aa  53.1  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  26.55 
 
 		 560 aa  53.1  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  22.19 
 
 		 1418 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  25.17 
 
 		 477 aa  52  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  23.92 
 
 		 585 aa  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  23.92 
 
 		 585 aa  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  23.95 
 
 		 1062 aa  52.4  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  24.92 
 
 		 770 aa  51.6  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0951  Type III restriction enzyme, res subunit  24.68 
 
 		 517 aa  51.6  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.12396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  21.61 
 
 		 949 aa  51.6  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>