More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3246 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  614  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 319 aa  306  3e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 319 aa  299  4e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  54.15 
 
 		 313 aa  276  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  53.6 
 
 		 321 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 317 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 324 aa  265  5e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  49.1 
 
 		 337 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  49.64 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 358 aa  241  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  46.79 
 
 		 329 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  46.07 
 
 		 331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  45.73 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  46.29 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  46.29 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 314 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 314 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 314 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  46.43 
 
 		 327 aa  218  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 316 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 314 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 338 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  28.98 
 
 		 287 aa  122  9e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  29.13 
 
 		 282 aa  112  9e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  30.4 
 
 		 274 aa  99  8e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  25.91 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  33.87 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 286 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  32.81 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  32.81 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  29.71 
 
 		 333 aa  79.7  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  26.39 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  30.54 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 269 aa  76.3  0.0000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.27 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  25.67 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  24.62 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  24.23 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  24.59 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  28.4 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.45 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  28.35 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 281 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.09 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  30.2 
 
 		 281 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.85 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  29.18 
 
 		 327 aa  70.5  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.95 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.85 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.05 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  25.56 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.94 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>