More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4185 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  100 
 
 
241 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.43 
 
 
233 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  56.45 
 
 
249 aa  275  6e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  55.28 
 
 
247 aa  268  4e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  57.76 
 
 
237 aa  267  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.76 
 
 
237 aa  267  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.14 
 
 
239 aa  265  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  57.98 
 
 
244 aa  264  8.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  53.02 
 
 
240 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.02 
 
 
240 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.02 
 
 
240 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  53.02 
 
 
240 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  53.02 
 
 
240 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  53.02 
 
 
240 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  53.02 
 
 
240 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.74 
 
 
235 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  51.72 
 
 
238 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  51.29 
 
 
238 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.86 
 
 
238 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  51.72 
 
 
241 aa  251  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.6 
 
 
240 aa  248  4e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.08 
 
 
251 aa  248  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.16 
 
 
252 aa  248  9e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  50.43 
 
 
241 aa  247  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  51.84 
 
 
245 aa  246  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  53.45 
 
 
248 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  51.72 
 
 
234 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.84 
 
 
245 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  53.02 
 
 
248 aa  244  6e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  52.59 
 
 
252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  52.59 
 
 
238 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  51.26 
 
 
245 aa  241  7e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.04 
 
 
238 aa  238  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  50.86 
 
 
238 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  50.86 
 
 
238 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  50.86 
 
 
238 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  51.84 
 
 
249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.51 
 
 
261 aa  231  9e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  48.09 
 
 
236 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.15 
 
 
253 aa  221  4.9999999999999996e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  38.02 
 
 
245 aa  156  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  41.37 
 
 
242 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  35.56 
 
 
233 aa  155  6e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  40.56 
 
 
242 aa  154  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  41.94 
 
 
242 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  40 
 
 
245 aa  153  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  38.49 
 
 
241 aa  151  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  37.23 
 
 
245 aa  149  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  39.41 
 
 
236 aa  144  1e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  35.04 
 
 
240 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  38.98 
 
 
236 aa  142  5e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  34.48 
 
 
231 aa  141  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  36.55 
 
 
244 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  35.78 
 
 
239 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  34.48 
 
 
231 aa  141  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.13 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  33.62 
 
 
230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  32.35 
 
 
239 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  32.35 
 
 
239 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  35.78 
 
 
239 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  38.27 
 
 
247 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  36.32 
 
 
248 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  35.02 
 
 
230 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  37.08 
 
 
246 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  34.69 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  35.98 
 
 
234 aa  135  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  32.91 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.17 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.17 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.17 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.17 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  34.18 
 
 
242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.74 
 
 
231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  37.77 
 
 
230 aa  133  3e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  32.91 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  34.19 
 
 
240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  32.76 
 
 
245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  33.2 
 
 
242 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  32.91 
 
 
242 aa  131  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  32.91 
 
 
242 aa  131  7.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  32.91 
 
 
242 aa  131  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  32.91 
 
 
242 aa  131  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.62 
 
 
243 aa  131  7.999999999999999e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  33.33 
 
 
242 aa  131  9e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  32.91 
 
 
242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.21 
 
 
235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  34.75 
 
 
230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.21 
 
 
235 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  38.64 
 
 
229 aa  129  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  32.78 
 
 
242 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.71 
 
 
244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.02 
 
 
231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  34.05 
 
 
229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  31.36 
 
 
232 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  36.32 
 
 
256 aa  128  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.91 
 
 
233 aa  129  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.78 
 
 
232 aa  128  7.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.78 
 
 
232 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  34.75 
 
 
229 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.62 
 
 
235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>