More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1205 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1205  inner-membrane translocator  100 
 
 		 333 aa  636    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  70.14 
 
 		 351 aa  464  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  63.25 
 
 		 325 aa  354  1e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.87 
 
 		 333 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 358 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.17 
 
 		 315 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  37.63 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 346 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 340 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 652 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  35.17 
 
 		 852 aa  138  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 329 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  32.48 
 
 		 838 aa  129  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 337 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 337 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 333 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 632 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  35.55 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 333 aa  126  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  34.4 
 
 		 330 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  31.13 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  37.11 
 
 		 840 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.97 
 
 		 646 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 361 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 646 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  30.47 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.99 
 
 		 355 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 328 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 335 aa  122  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 633 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0838  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.825897  normal  0.140783 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.65 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2687  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.234697  normal  0.118334 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 368 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 338 aa  119  6e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 642 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 339 aa  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 327 aa  119  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 350 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3320  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 334 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  31.39 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  38.21 
 
 		 840 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  33.07 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  33.68 
 
 		 594 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  33.06 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 346 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0173  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 635 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0422307  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  33.06 
 
 		 328 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  35.22 
 
 		 597 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0155  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 655 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0988  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000237918 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  30.8 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  30.92 
 
 		 842 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 441 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  32 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3696  ABC transporter related  37.75 
 
 		 840 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500885  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 340 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 437 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  31.95 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>