More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1006 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_1006  site-specific tyrosine recombinase XerS  100 
 
 		 356 aa  743    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000475631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0994  site-specific tyrosine recombinase XerS  72 
 
 		 359 aa  543  1e-153  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000205377  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1013  site-specific tyrosine recombinase XerS  47.37 
 
 		 356 aa  306  4.0000000000000004e-82  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00257725  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0978  site-specific tyrosine recombinase XerS  46.47 
 
 		 356 aa  302  6.000000000000001e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1302  site-specific tyrosine recombinase XerS  43.9 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.287333  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5530  site-specific tyrosine recombinase XerS  38.26 
 
 		 357 aa  239  5e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.267916  hitchhiker  0.00142122 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0018  site-specific tyrosine recombinase XerS  37.68 
 
 		 358 aa  236  4e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000485096  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0136  site-specific tyrosine recombinase XerS  32.96 
 
 		 361 aa  209  8e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.293476  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0261  site-specific tyrosine recombinase XerS  32.41 
 
 		 361 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0200  site-specific tyrosine recombinase XerS  32.41 
 
 		 361 aa  203  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  9.249629999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0311  site-specific tyrosine recombinase XerS  31.86 
 
 		 361 aa  202  9e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5532  site-specific tyrosine recombinase XerS  31.86 
 
 		 368 aa  196  6e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644958 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0151  site-specific tyrosine recombinase XerS  32.13 
 
 		 361 aa  195  9e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2195  integrase family protein  27.59 
 
 		 350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  33.72 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.03 
 
 		 330 aa  100  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.47 
 
 		 330 aa  97.8  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  28.26 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.07 
 
 		 330 aa  92.8  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  28.35 
 
 		 304 aa  90.5  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  32.72 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  23.8 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  28.57 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  25.93 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 306 aa  87.4  4e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  27.42 
 
 		 304 aa  86.3  7e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  28.06 
 
 		 304 aa  86.3  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  33.53 
 
 		 295 aa  86.3  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  33.53 
 
 		 295 aa  86.3  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  31.45 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  23.27 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  32.91 
 
 		 302 aa  85.9  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  25.95 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.74 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  24.27 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1733  integrase family protein  26.5 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  24.15 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  29.61 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  35.15 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.93 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  30.38 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  30.72 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  30.18 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  32.1 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.55 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.95 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 286 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.3 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  31.89 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  34.9 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1201  phage integrase  26.81 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0529826  normal  0.150621 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  32.68 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  32.48 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1179  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.36 
 
 		 450 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000142279  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  22.29 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.06 
 
 		 450 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000415693  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  33.96 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  32.72 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  26.8 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  31.06 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.95 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  32.08 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.79 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0912  integrase/recombinase  33.95 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0261382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  33.95 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.85 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  23.69 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  25.45 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  27.89 
 
 		 295 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  30.26 
 
 		 299 aa  79.3  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  31.33 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  30.46 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  29.11 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.21 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.11 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  23.78 
 
 		 341 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  31.58 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  27.41 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.29 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3115  integrase family protein  33.13 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0082342  normal  0.151412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  25.61 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.19 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.66 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  33.95 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  23.8 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  29.61 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>