More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3229 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 332 aa  651    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  53.11 
 
 		 326 aa  293  4e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  51.95 
 
 		 339 aa  286  2.9999999999999996e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  53.85 
 
 		 310 aa  270  2.9999999999999997e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  52.67 
 
 		 330 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  52.74 
 
 		 299 aa  252  5.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  53.17 
 
 		 312 aa  252  7e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  53.79 
 
 		 303 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  47.76 
 
 		 316 aa  238  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  47.76 
 
 		 316 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  47.76 
 
 		 316 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  47.59 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  47.81 
 
 		 325 aa  233  3e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  49.37 
 
 		 317 aa  230  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  46.1 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  47.02 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  43.39 
 
 		 293 aa  195  9e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  44.68 
 
 		 294 aa  192  9e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  42.07 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  39.45 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  36.49 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  34.72 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  37.54 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  37.29 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  34.87 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  35.54 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  34.23 
 
 		 310 aa  159  6e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  35.54 
 
 		 312 aa  159  9e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  34.55 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  38.13 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  34.23 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  32.67 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  35.64 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  39.62 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  34.23 
 
 		 310 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  31.51 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  33.22 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  34.41 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  32.21 
 
 		 310 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  31.21 
 
 		 325 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  33.58 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  32.11 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  32.36 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 310 aa  149  9e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  32.23 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  31.32 
 
 		 278 aa  146  6e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  36.24 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  31.44 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  34.02 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  30 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  34.55 
 
 		 289 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  31.14 
 
 		 280 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  33.09 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  38.4 
 
 		 318 aa  139  1e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  35.31 
 
 		 505 aa  138  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  36.43 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  34.67 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  36.04 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.65 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  35.59 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  31.88 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  37.26 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  34.98 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1320  undecaprenyl diphosphate synthase  36.6 
 
 		 564 aa  129  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  35.6 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  29.79 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 324 aa  126  5e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0117  squalene/phytoene synthase  35.05 
 
 		 274 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  32.67 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  31.1 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  30.71 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  31.32 
 
 		 280 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  37.07 
 
 		 379 aa  122  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  36.36 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  30.34 
 
 		 279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  35.61 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  31.05 
 
 		 285 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  29.96 
 
 		 293 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  31.43 
 
 		 277 aa  119  9e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  36.86 
 
 		 357 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.63 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  28.78 
 
 		 273 aa  117  3e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  31.27 
 
 		 281 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  37.05 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  31.1 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  28.32 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  29.79 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  33.1 
 
 		 575 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  30.6 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  26.24 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.09 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  30.39 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  31.37 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00920  phytoene synthetase  26.85 
 
 		 279 aa  112  7.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.632268  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.82 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.43 
 
 		 279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  29.48 
 
 		 279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.62 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>