More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hmuk_0728 on replicon NC_013202
Organism: Halomicrobium mukohataei DSM 12286



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  100 
 
 		 192 aa  384  1e-106  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  85.94 
 
 		 189 aa  307  8e-83  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  82.2 
 
 		 191 aa  296  1e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  82.35 
 
 		 189 aa  293  2e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  75.39 
 
 		 191 aa  278  4e-74  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  51.31 
 
 		 192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  47.57 
 
 		 194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.56 
 
 		 190 aa  186  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.09 
 
 		 190 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  47.16 
 
 		 213 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  47.73 
 
 		 199 aa  180  1e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.59 
 
 		 187 aa  177  5.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  51.85 
 
 		 206 aa  177  8e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.71 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.45 
 
 		 187 aa  176  2e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.09 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.45 
 
 		 187 aa  176  3e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.11 
 
 		 195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  36.7 
 
 		 198 aa  137  1e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  40.21 
 
 		 199 aa  132  3.9999999999999996e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.95 
 
 		 176 aa  126  2.0000000000000002e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  34.97 
 
 		 180 aa  108  5e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  29.9 
 
 		 211 aa  97.8  8e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  36.7 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  30.81 
 
 		 195 aa  90.5  1e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  30.81 
 
 		 191 aa  89  4e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.49 
 
 		 191 aa  87  2e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.69 
 
 		 194 aa  77.8  0.0000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  25.85 
 
 		 172 aa  63.2  0.000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  35.19 
 
 		 819 aa  57.4  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  32.37 
 
 		 762 aa  57.4  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  30.43 
 
 		 771 aa  56.2  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  26.62 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  30.43 
 
 		 770 aa  56.2  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  39.74 
 
 		 752 aa  56.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  31.25 
 
 		 774 aa  55.8  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  32.37 
 
 		 758 aa  55.5  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  34.21 
 
 		 792 aa  53.5  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  34.21 
 
 		 806 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  34.21 
 
 		 806 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  34.21 
 
 		 806 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  34.21 
 
 		 808 aa  53.1  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  34.72 
 
 		 770 aa  53.1  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  34.21 
 
 		 804 aa  53.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  34.21 
 
 		 810 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  34.21 
 
 		 808 aa  53.1  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  34.82 
 
 		 818 aa  53.1  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  34.21 
 
 		 808 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  32.52 
 
 		 690 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  34.21 
 
 		 812 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  32.52 
 
 		 692 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  34.21 
 
 		 814 aa  52.8  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  35.9 
 
 		 824 aa  52.4  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  36.96 
 
 		 818 aa  52.4  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35680  predicted protein  24 
 
 		 181 aa  52.4  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  32 
 
 		 833 aa  52  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  35.87 
 
 		 828 aa  52  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  32.11 
 
 		 821 aa  52  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  22.6 
 
 		 779 aa  52  0.000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  33.64 
 
 		 822 aa  51.6  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  35.78 
 
 		 705 aa  51.6  0.000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  29.91 
 
 		 801 aa  51.6  0.000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.73 
 
 		 704 aa  51.2  0.000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  35.9 
 
 		 813 aa  51.2  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  35.9 
 
 		 813 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.9 
 
 		 813 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  35.9 
 
 		 813 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  34.74 
 
 		 844 aa  50.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  30.68 
 
 		 880 aa  50.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  35.9 
 
 		 813 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  34.74 
 
 		 844 aa  50.4  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  35.9 
 
 		 813 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.63 
 
 		 720 aa  50.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  29.79 
 
 		 818 aa  50.8  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  34.78 
 
 		 715 aa  50.4  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  35.9 
 
 		 813 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  35.9 
 
 		 813 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28240  RNA polymerase II subunit  28.35 
 
 		 173 aa  50.4  0.00001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.18212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  34.74 
 
 		 844 aa  50.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  35.9 
 
 		 813 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 812 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  31.08 
 
 		 834 aa  50.1  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 812 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 812 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  31.51 
 
 		 726 aa  50.1  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 812 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 812 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1044  30S ribosomal protein S1  53.66 
 
 		 392 aa  49.3  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.59 
 
 		 716 aa  48.9  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  32.91 
 
 		 773 aa  49.3  0.00004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  36.36 
 
 		 705 aa  48.9  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  34.38 
 
 		 608 aa  48.5  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  36.67 
 
 		 903 aa  48.5  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  33.33 
 
 		 1182 aa  48.5  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.48 
 
 		 710 aa  48.5  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1129  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.79 
 
 		 694 aa  48.1  0.00007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  34.25 
 
 		 751 aa  48.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  34.25 
 
 		 751 aa  48.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  32.48 
 
 		 767 aa  48.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1534  RNA binding S1  43.08 
 
 		 719 aa  47.8  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.264491  normal  0.667441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>