More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Htur_3454 on replicon NC_013743
Organism: Haloterrigena turkmenica DSM 5511



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  100 
 
 
191 aa  382  1e-105  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  89.95 
 
 
189 aa  320  9.999999999999999e-87  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  82.2 
 
 
192 aa  297  6e-80  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  84.15 
 
 
189 aa  293  1e-78  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  79.06 
 
 
191 aa  287  5.0000000000000004e-77  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  53.93 
 
 
192 aa  198  5e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  47.34 
 
 
194 aa  194  5.000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.95 
 
 
190 aa  189  2e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  49.43 
 
 
213 aa  188  2.9999999999999997e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  47.37 
 
 
190 aa  186  1e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.86 
 
 
199 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48 
 
 
188 aa  181  6e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  53.11 
 
 
206 aa  174  7e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.69 
 
 
188 aa  168  4e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.89 
 
 
187 aa  168  4e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.75 
 
 
187 aa  166  1e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.75 
 
 
187 aa  166  2e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.53 
 
 
195 aa  150  1e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  40.74 
 
 
199 aa  137  7.999999999999999e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.16 
 
 
198 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  37.21 
 
 
176 aa  114  6e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  33.89 
 
 
180 aa  102  3e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  32.98 
 
 
195 aa  98.2  6e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  33.88 
 
 
191 aa  95.5  4e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  33.7 
 
 
191 aa  94.7  7e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  29.95 
 
 
211 aa  94  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.418303 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  34.24 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  34.57 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  26.53 
 
 
172 aa  63.2  0.000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  29.03 
 
 
179 aa  62  0.000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.35 
 
 
720 aa  58.9  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.3 
 
 
716 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  26.86 
 
 
762 aa  55.1  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  37.62 
 
 
715 aa  54.7  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.34 
 
 
718 aa  54.3  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.56 
 
 
748 aa  54.3  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  33.33 
 
 
715 aa  53.1  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  37.62 
 
 
722 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.19 
 
 
718 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  32.22 
 
 
714 aa  53.1  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.79 
 
 
722 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  32 
 
 
833 aa  52.4  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.56 
 
 
730 aa  52.4  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.26 
 
 
699 aa  52.4  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.94 
 
 
702 aa  52  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  32.35 
 
 
759 aa  51.2  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.23 
 
 
745 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
699 aa  49.7  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  31.01 
 
 
752 aa  49.7  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.23 
 
 
745 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  27.04 
 
 
714 aa  50.4  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  31.94 
 
 
817 aa  50.1  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.57 
 
 
701 aa  50.4  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  28.16 
 
 
801 aa  50.1  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
699 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
699 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.34 
 
 
699 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.23 
 
 
752 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.07 
 
 
714 aa  49.3  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.07 
 
 
713 aa  49.7  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  30.4 
 
 
692 aa  49.7  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35680  predicted protein  24 
 
 
181 aa  49.3  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
700 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
699 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000984141  unclonable  0.0000000000121656 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
703 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.8 
 
 
711 aa  49.3  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.25 
 
 
710 aa  49.3  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
700 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  30.4 
 
 
690 aa  49.3  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.07 
 
 
714 aa  49.3  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  34.78 
 
 
818 aa  49.3  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.66 
 
 
698 aa  49.3  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.41 
 
 
701 aa  48.9  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15619  predicted protein  31.73 
 
 
208 aa  48.5  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  21.48 
 
 
779 aa  48.5  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  39.06 
 
 
705 aa  48.5  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  32.61 
 
 
819 aa  48.5  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  34.78 
 
 
818 aa  48.5  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.14 
 
 
704 aa  48.5  0.00006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  33.7 
 
 
828 aa  48.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  29.73 
 
 
834 aa  48.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.07 
 
 
715 aa  48.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  26.58 
 
 
720 aa  48.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.1 
 
 
712 aa  47.8  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  26.58 
 
 
700 aa  47.4  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0338  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.02 
 
 
796 aa  47.4  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0332916  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.23 
 
 
739 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2918  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.33 
 
 
740 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777239  normal  0.227939 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.33 
 
 
716 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  26.75 
 
 
758 aa  47.4  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2774  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.33 
 
 
716 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.59 
 
 
728 aa  47.4  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  26.43 
 
 
770 aa  47.4  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  30.67 
 
 
829 aa  47.4  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.86 
 
 
712 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  33.33 
 
 
803 aa  47.8  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  27.4 
 
 
774 aa  47.4  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  26.58 
 
 
700 aa  47.4  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  31.75 
 
 
487 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  26.74 
 
 
717 aa  47.4  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>