More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Huta_2207 on replicon NC_013158
Organism: Halorhabdus utahensis DSM 12940



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  100 
 
 		 189 aa  380  1e-105  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  85.94 
 
 		 192 aa  307  5.9999999999999995e-83  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  84.15 
 
 		 191 aa  292  2e-78  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  82.01 
 
 		 189 aa  288  2e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  78.19 
 
 		 191 aa  281  6.000000000000001e-75  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  51.85 
 
 		 192 aa  204  6e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.63 
 
 		 194 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  50.83 
 
 		 190 aa  191  6e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  49.43 
 
 		 213 aa  187  5.999999999999999e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  50 
 
 		 199 aa  185  4e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.57 
 
 		 188 aa  184  7e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.16 
 
 		 190 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  51.03 
 
 		 206 aa  174  9e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.89 
 
 		 187 aa  171  5.999999999999999e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.75 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.75 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  42.46 
 
 		 188 aa  165  5e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  42.39 
 
 		 195 aa  157  9e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  40.7 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.64 
 
 		 198 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.95 
 
 		 176 aa  124  1e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  35.52 
 
 		 180 aa  105  5e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  30.32 
 
 		 211 aa  90.5  1e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  32.46 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.55 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  37.02 
 
 		 222 aa  87.4  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.49 
 
 		 191 aa  80.9  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.69 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  24.49 
 
 		 172 aa  57.4  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  32.76 
 
 		 819 aa  55.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  27.74 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  31.9 
 
 		 692 aa  55.5  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  31.9 
 
 		 690 aa  55.5  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.14 
 
 		 752 aa  55.5  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35680  predicted protein  25.86 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  34.72 
 
 		 771 aa  53.9  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  34.72 
 
 		 770 aa  53.9  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  24.64 
 
 		 779 aa  53.9  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  36.46 
 
 		 608 aa  53.1  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  35.87 
 
 		 818 aa  52.8  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  31.88 
 
 		 817 aa  52.8  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  32.11 
 
 		 774 aa  52.8  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  34.78 
 
 		 828 aa  52.4  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  30.67 
 
 		 833 aa  52  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  34.72 
 
 		 770 aa  52  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  35.87 
 
 		 818 aa  52  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  29.41 
 
 		 762 aa  51.6  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  37.86 
 
 		 416 aa  52  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.8 
 
 		 699 aa  51.6  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  28.48 
 
 		 702 aa  51.2  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  31.58 
 
 		 806 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  31.58 
 
 		 792 aa  50.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  31.58 
 
 		 808 aa  50.4  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  31.58 
 
 		 804 aa  50.4  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  34.78 
 
 		 822 aa  50.8  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  31.58 
 
 		 808 aa  50.4  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 824 aa  50.8  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  34.29 
 
 		 758 aa  50.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  29.33 
 
 		 834 aa  50.8  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  35.62 
 
 		 751 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  31.58 
 
 		 806 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  31.58 
 
 		 806 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  31.58 
 
 		 808 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  31.58 
 
 		 814 aa  50.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  31.58 
 
 		 810 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  33.68 
 
 		 844 aa  50.4  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  30.49 
 
 		 773 aa  49.7  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  29.03 
 
 		 818 aa  49.7  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  33.68 
 
 		 844 aa  50.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  31.58 
 
 		 812 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  33.68 
 
 		 844 aa  50.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  35.62 
 
 		 751 aa  50.4  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  35.9 
 
 		 595 aa  50.1  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  26.99 
 
 		 720 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.86 
 
 		 699 aa  50.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  30.77 
 
 		 880 aa  49.3  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.33 
 
 		 704 aa  49.7  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  27.03 
 
 		 701 aa  49.3  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  34.62 
 
 		 813 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  27.27 
 
 		 698 aa  49.7  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  33.33 
 
 		 826 aa  49.3  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  30.99 
 
 		 808 aa  49.7  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  30.77 
 
 		 801 aa  48.9  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  33.33 
 
 		 715 aa  48.9  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  35.79 
 
 		 705 aa  48.9  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.17 
 
 		 699 aa  48.9  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.17 
 
 		 699 aa  48.9  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  35.29 
 
 		 705 aa  49.3  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.17 
 
 		 699 aa  48.9  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  26.45 
 
 		 714 aa  48.5  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  27.22 
 
 		 710 aa  48.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 812 aa  48.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>