283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_2396 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  100 
 
 		 191 aa  384  1e-106  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  79.06 
 
 		 191 aa  286  2e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  78.19 
 
 		 189 aa  279  2e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  76.72 
 
 		 189 aa  279  2e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  75.39 
 
 		 192 aa  276  2e-73  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.69 
 
 		 192 aa  192  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.74 
 
 		 194 aa  188  4e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.3 
 
 		 213 aa  181  6e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.07 
 
 		 190 aa  177  7e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.32 
 
 		 187 aa  173  9.999999999999999e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  47.46 
 
 		 190 aa  173  9.999999999999999e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.32 
 
 		 187 aa  173  9.999999999999999e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.32 
 
 		 187 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.13 
 
 		 188 aa  171  7.999999999999999e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  48.62 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.02 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  42.86 
 
 		 188 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  39.89 
 
 		 195 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  37.19 
 
 		 199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.75 
 
 		 198 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  36.78 
 
 		 176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  35.39 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  30.22 
 
 		 211 aa  91.3  7e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  29.67 
 
 		 191 aa  89.4  3e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  29.32 
 
 		 195 aa  89.4  3e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.89 
 
 		 191 aa  88.6  5e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  34.08 
 
 		 222 aa  81.3  0.000000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  29.67 
 
 		 194 aa  76.6  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  27.22 
 
 		 179 aa  58.2  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.44 
 
 		 720 aa  56.6  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  23.13 
 
 		 172 aa  55.1  0.0000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.04 
 
 		 819 aa  52  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35680  predicted protein  24 
 
 		 181 aa  51.2  0.000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  33.8 
 
 		 817 aa  51.2  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.63 
 
 		 718 aa  50.8  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.04 
 
 		 748 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.23 
 
 		 715 aa  50.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.54 
 
 		 722 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34242  subunit of RNA polymerase III  22.09 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0406434 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  32.98 
 
 		 828 aa  50.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 818 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  26.09 
 
 		 762 aa  50.1  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  37.84 
 
 		 803 aa  50.4  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  32 
 
 		 833 aa  50.1  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  37.11 
 
 		 715 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.82 
 
 		 702 aa  50.1  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.09 
 
 		 714 aa  49.3  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.09 
 
 		 713 aa  49.7  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0173  RNA-binding S1 domain-containing protein  25.81 
 
 		 804 aa  49.3  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.54 
 
 		 722 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.33 
 
 		 710 aa  49.3  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 818 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.09 
 
 		 714 aa  49.3  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  33.33 
 
 		 770 aa  48.9  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.29 
 
 		 718 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.15 
 
 		 704 aa  48.9  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  30.68 
 
 		 758 aa  48.9  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  37.84 
 
 		 813 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  35.71 
 
 		 715 aa  48.5  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  32.22 
 
 		 714 aa  48.5  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.74 
 
 		 699 aa  48.5  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  37.18 
 
 		 752 aa  48.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.29 
 
 		 712 aa  48.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  33.8 
 
 		 804 aa  48.1  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.48 
 
 		 728 aa  48.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.36 
 
 		 725 aa  48.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  33.33 
 
 		 771 aa  47.8  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.36 
 
 		 711 aa  47.8  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.51 
 
 		 725 aa  47.8  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  33.33 
 
 		 770 aa  47.8  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 822 aa  48.1  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.12 
 
 		 712 aa  47.8  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  31.08 
 
 		 834 aa  47.8  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.27 
 
 		 691 aa  47.4  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.72 
 
 		 702 aa  47.8  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4629  hypothetical protein  26.62 
 
 		 784 aa  47.4  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0338  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.07 
 
 		 796 aa  47.4  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0332916  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  29.21 
 
 		 834 aa  47.8  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_19835  predicted protein  29.13 
 
 		 208 aa  47.4  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.241408  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.49 
 
 		 812 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  31.94 
 
 		 829 aa  47.8  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 824 aa  47.8  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.4 
 
 		 730 aa  46.6  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  29.58 
 
 		 830 aa  46.6  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.09 
 
 		 714 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  30.43 
 
 		 805 aa  47  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.8 
 
 		 716 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  29.35 
 
 		 821 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>