130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aboo_0568 on replicon NC_013926
Organism: Aciduliprofundum boonei T469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  100 
 
 		 199 aa  392  1e-108  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.79 
 
 		 194 aa  169  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.18 
 
 		 188 aa  168  5e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  42.21 
 
 		 190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.45 
 
 		 213 aa  160  9e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.94 
 
 		 190 aa  160  1e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.35 
 
 		 192 aa  160  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.45 
 
 		 187 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.92 
 
 		 187 aa  158  5e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.92 
 
 		 187 aa  158  5e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.65 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.92 
 
 		 199 aa  154  6e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  39 
 
 		 198 aa  147  9e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.62 
 
 		 206 aa  145  5e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  42.19 
 
 		 195 aa  144  6e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.7 
 
 		 189 aa  137  1e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  40.74 
 
 		 191 aa  134  9e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  39.2 
 
 		 189 aa  131  6e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  37.19 
 
 		 191 aa  129  2.0000000000000002e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.21 
 
 		 192 aa  129  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.3 
 
 		 211 aa  127  7.000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  36.7 
 
 		 176 aa  118  4.9999999999999996e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  35.42 
 
 		 180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.57 
 
 		 191 aa  106  2e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.57 
 
 		 195 aa  106  3e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.42 
 
 		 191 aa  103  2e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.61 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  37.11 
 
 		 194 aa  95.5  4e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34242  subunit of RNA polymerase III  20.77 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0406434 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  37.66 
 
 		 752 aa  53.9  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.04 
 
 		 819 aa  50.8  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  35.82 
 
 		 817 aa  48.9  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  30.77 
 
 		 833 aa  48.5  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 		 718 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  36 
 
 		 829 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 720 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  36.23 
 
 		 830 aa  47  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.79 
 
 		 718 aa  46.6  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  34.57 
 
 		 808 aa  45.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  26.96 
 
 		 172 aa  45.8  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  36.78 
 
 		 804 aa  45.8  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  34.57 
 
 		 808 aa  45.8  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  34.57 
 
 		 808 aa  45.8  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  34.57 
 
 		 807 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  25 
 
 		 179 aa  45.8  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  34.57 
 
 		 807 aa  46.2  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  34.57 
 
 		 807 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  34.57 
 
 		 807 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.38 
 
 		 722 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  34.57 
 
 		 807 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.38 
 
 		 715 aa  45.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.38 
 
 		 722 aa  45.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  34.74 
 
 		 726 aa  45.8  0.0005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  34.57 
 
 		 809 aa  45.4  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  28.77 
 
 		 834 aa  45.4  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 818 aa  45.4  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  32.94 
 
 		 759 aa  45.1  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  31.51 
 
 		 746 aa  45.4  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  31.51 
 
 		 746 aa  45.4  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  35.79 
 
 		 714 aa  45.4  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 818 aa  45.1  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  34.78 
 
 		 834 aa  45.1  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.31 
 
 		 748 aa  44.7  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  30.68 
 
 		 808 aa  44.7  0.0009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  35.62 
 
 		 749 aa  44.7  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  28.42 
 
 		 824 aa  43.9  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  34.25 
 
 		 821 aa  44.3  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.85 
 
 		 713 aa  44.3  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  35.79 
 
 		 715 aa  44.7  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.85 
 
 		 714 aa  43.9  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  27.16 
 
 		 773 aa  43.1  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.62 
 
 		 710 aa  43.5  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  31.52 
 
 		 822 aa  43.5  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.35 
 
 		 717 aa  43.9  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.85 
 
 		 714 aa  43.9  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  28.49 
 
 		 416 aa  43.9  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.44 
 
 		 730 aa  43.9  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  31.91 
 
 		 828 aa  43.5  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 812 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 812 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 812 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 812 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 812 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  31.94 
 
 		 813 aa  43.5  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4028  30S ribosomal protein S1  52.5 
 
 		 321 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.861757  hitchhiker  0.00019437 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  29.2 
 
 		 774 aa  43.1  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  31.94 
 
 		 824 aa  42.7  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09151  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  29.49 
 
 		 760 aa  43.1  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000238472 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  31.94 
 
 		 706 aa  42.7  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  30.3 
 
 		 705 aa  42.7  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2478  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.3 
 
 		 744 aa  42.7  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0963383  normal  0.320365 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.68 
 
 		 713 aa  42.7  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204835  normal  0.993933 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>