More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1057 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.38 
 
 
734 aa  660    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0766  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.5 
 
 
743 aa  868    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.365254 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6517  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  61.35 
 
 
793 aa  822    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.433198  normal  0.175574 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.54 
 
 
713 aa  882    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1854  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  64.02 
 
 
716 aa  899    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.499435 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 
721 aa  640    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12288  putative polyribonucleotide nucleotidyltransferase  54.81 
 
 
741 aa  766    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.37 
 
 
732 aa  655    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.82 
 
 
728 aa  679    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1692  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.93 
 
 
735 aa  784    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.739915  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.54 
 
 
749 aa  644    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.68 
 
 
736 aa  654    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.34 
 
 
734 aa  652    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.44 
 
 
728 aa  658    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1786  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.42 
 
 
717 aa  998    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.062273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
713 aa  1442    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204835  normal  0.993933 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1986  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.23 
 
 
708 aa  1053    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00363303  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 
721 aa  640    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1444  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.05 
 
 
714 aa  741    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.24 
 
 
772 aa  681    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.59 
 
 
732 aa  657    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.58 
 
 
722 aa  634  1e-180  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.11 
 
 
696 aa  629  1e-179  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.34 
 
 
696 aa  626  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 
771 aa  628  1e-178  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.11 
 
 
697 aa  624  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.12 
 
 
696 aa  621  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.9 
 
 
777 aa  619  1e-176  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.48 
 
 
774 aa  619  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.61 
 
 
699 aa  615  1e-175  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.46 
 
 
697 aa  615  1e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.05 
 
 
711 aa  618  1e-175  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.13 
 
 
699 aa  617  1e-175  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.99 
 
 
710 aa  612  9.999999999999999e-175  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.9 
 
 
690 aa  609  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.9 
 
 
692 aa  610  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.54 
 
 
706 aa  609  1e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.66 
 
 
772 aa  608  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.42 
 
 
721 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.46 
 
 
701 aa  601  1e-170  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.82 
 
 
712 aa  599  1e-170  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.82 
 
 
712 aa  599  1e-170  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.82 
 
 
712 aa  599  1e-170  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.47 
 
 
717 aa  600  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.13 
 
 
703 aa  600  1e-170  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.82 
 
 
712 aa  599  1e-170  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.7 
 
 
712 aa  602  1e-170  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.19 
 
 
712 aa  599  1e-170  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 
712 aa  600  1e-170  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.45 
 
 
712 aa  598  1e-169  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.68 
 
 
712 aa  596  1e-169  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.45 
 
 
712 aa  597  1e-169  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.16 
 
 
721 aa  597  1e-169  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.08 
 
 
702 aa  592  1e-168  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
717 aa  595  1e-168  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.61 
 
 
714 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.61 
 
 
714 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.75 
 
 
714 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
713 aa  588  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.69 
 
 
698 aa  590  1e-167  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.24 
 
 
698 aa  591  1e-167  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.69 
 
 
698 aa  590  1e-167  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.19 
 
 
747 aa  590  1e-167  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
713 aa  588  1e-167  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
713 aa  588  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.09 
 
 
713 aa  590  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 
712 aa  591  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.04 
 
 
711 aa  590  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1167  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.9 
 
 
698 aa  589  1e-167  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2017  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.23 
 
 
718 aa  589  1e-167  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000536157  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.74 
 
 
715 aa  586  1e-166  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
713 aa  588  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.61 
 
 
735 aa  588  1e-166  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
713 aa  588  1e-166  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.19 
 
 
715 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
713 aa  588  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2075  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.96 
 
 
712 aa  588  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.57561 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.35 
 
 
700 aa  587  1e-166  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.76 
 
 
736 aa  587  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.07 
 
 
707 aa  588  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.49 
 
 
700 aa  586  1e-166  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
713 aa  588  1e-166  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.14 
 
 
815 aa  588  1e-166  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.61 
 
 
710 aa  585  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.23 
 
 
715 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.76 
 
 
729 aa  583  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.01 
 
 
742 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0078  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.36 
 
 
711 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.901584  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
715 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.19 
 
 
715 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.99 
 
 
703 aa  585  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.12 
 
 
723 aa  584  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
715 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1896  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.65 
 
 
724 aa  580  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336767  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.49 
 
 
729 aa  580  1e-164  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.34 
 
 
752 aa  580  1e-164  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.87 
 
 
703 aa  581  1e-164  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.24 
 
 
714 aa  580  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.47 
 
 
701 aa  582  1e-164  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.33 
 
 
712 aa  582  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>