More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1041 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 		 734 aa  644    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.84 
 
 		 711 aa  644    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.37 
 
 		 714 aa  659    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 		 696 aa  678    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 697 aa  677    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 		 701 aa  667    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 		 701 aa  662    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 		 698 aa  1421    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 		 722 aa  636    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.76 
 
 		 691 aa  639    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 717 aa  640    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 712 aa  644    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.87 
 
 		 700 aa  655    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.12 
 
 		 751 aa  637    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 		 714 aa  676    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.95 
 
 		 720 aa  704    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4486  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.27 
 
 		 701 aa  657    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.15 
 
 		 712 aa  642    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.15 
 
 		 712 aa  643    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.15 
 
 		 712 aa  643    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.21 
 
 		 713 aa  647    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 729 aa  669    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.27 
 
 		 729 aa  664    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 		 701 aa  659    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 774 aa  672    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 		 701 aa  665    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181629  normal  0.111929 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.07 
 
 		 698 aa  644    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 		 728 aa  662    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.63 
 
 		 733 aa  672    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.41 
 
 		 718 aa  694    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.21 
 
 		 713 aa  647    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 		 713 aa  653    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.8 
 
 		 695 aa  686    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 		 701 aa  661    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49 
 
 		 716 aa  661    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 		 699 aa  673    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.42 
 
 		 715 aa  643    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.34 
 
 		 732 aa  637    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.33 
 
 		 720 aa  638    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.57 
 
 		 722 aa  669    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 		 697 aa  664    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.48 
 
 		 750 aa  640    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.402315  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.66 
 
 		 710 aa  654    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.15 
 
 		 712 aa  642    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2918  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.07 
 
 		 740 aa  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777239  normal  0.227939 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 		 713 aa  653    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.84 
 
 		 701 aa  636    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.7 
 
 		 708 aa  645    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.46 
 
 		 747 aa  641    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.5 
 
 		 713 aa  650    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.51 
 
 		 749 aa  671    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 		 703 aa  642    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.95 
 
 		 718 aa  695    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.8 
 
 		 728 aa  675    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.21 
 
 		 713 aa  647    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.65 
 
 		 716 aa  679    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.15 
 
 		 730 aa  671    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.33 
 
 		 722 aa  658    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.39 
 
 		 715 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 		 714 aa  671    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 		 711 aa  644    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 		 716 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.47 
 
 		 711 aa  644    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.8 
 
 		 722 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 		 713 aa  669    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.23 
 
 		 748 aa  691    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 		 713 aa  653    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 		 725 aa  649    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 		 711 aa  644    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 815 aa  636    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 		 725 aa  658    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0078  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 711 aa  658    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.901584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.05 
 
 		 771 aa  659    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.48 
 
 		 715 aa  641    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.78 
 
 		 717 aa  635    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 		 711 aa  644    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.71 
 
 		 715 aa  680    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.43 
 
 		 696 aa  682    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2774  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49 
 
 		 716 aa  661    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4573  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.35 
 
 		 701 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.348013  normal  0.924419 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.91 
 
 		 711 aa  657    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.21 
 
 		 713 aa  647    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 		 717 aa  685    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 		 714 aa  675    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.85 
 
 		 720 aa  671    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 		 700 aa  635    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.29 
 
 		 703 aa  655    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.41 
 
 		 710 aa  658    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.21 
 
 		 714 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.26 
 
 		 701 aa  658    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.91 
 
 		 752 aa  696    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.61 
 
 		 702 aa  642    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.48 
 
 		 715 aa  641    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.79 
 
 		 699 aa  643    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.91 
 
 		 701 aa  661    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 		 696 aa  678    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.43 
 
 		 706 aa  670    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.32 
 
 		 712 aa  637    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.93 
 
 		 736 aa  660    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 		 715 aa  652    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.547998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>