More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1692 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1444  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.05 
 
 
714 aa  1016    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 
696 aa  639    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.43 
 
 
697 aa  650    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0766  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.03 
 
 
743 aa  849    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.365254 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.8 
 
 
772 aa  680    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1854  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  60.14 
 
 
716 aa  841    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.499435 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.48 
 
 
734 aa  678    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.44 
 
 
736 aa  663    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
699 aa  637    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.23 
 
 
732 aa  690    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6517  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  55.09 
 
 
793 aa  752    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.433198  normal  0.175574 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.56 
 
 
728 aa  675    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.88 
 
 
696 aa  667    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 
697 aa  654    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.21 
 
 
713 aa  743    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204835  normal  0.993933 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 
696 aa  637    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.9 
 
 
728 aa  661    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 
734 aa  691    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1986  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  56.55 
 
 
708 aa  774    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00363303  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.8 
 
 
711 aa  638    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1786  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.37 
 
 
717 aa  802    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.062273 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
703 aa  643    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.99 
 
 
713 aa  758    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12288  putative polyribonucleotide nucleotidyltransferase  67.21 
 
 
741 aa  1006    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1692  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
735 aa  1506    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.739915  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 
706 aa  654    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.52 
 
 
732 aa  674    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.05 
 
 
722 aa  632  1e-180  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.99 
 
 
749 aa  632  1e-180  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.85 
 
 
721 aa  632  1e-180  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.99 
 
 
721 aa  632  1e-180  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.07 
 
 
752 aa  619  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.19 
 
 
725 aa  620  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.57 
 
 
717 aa  620  1e-176  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.07 
 
 
745 aa  619  1e-176  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.83 
 
 
715 aa  619  1e-176  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.35 
 
 
739 aa  615  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.34 
 
 
725 aa  617  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.78 
 
 
745 aa  615  1e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.26 
 
 
698 aa  614  9.999999999999999e-175  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2017  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.85 
 
 
718 aa  610  1e-173  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000536157  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.96 
 
 
703 aa  610  1e-173  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.3 
 
 
721 aa  610  1e-173  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.02 
 
 
733 aa  609  1e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.63 
 
 
720 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.21 
 
 
714 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.54 
 
 
699 aa  607  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.37 
 
 
771 aa  607  9.999999999999999e-173  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.8 
 
 
774 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.81 
 
 
722 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.61 
 
 
722 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.09 
 
 
714 aa  599  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.17 
 
 
729 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.37 
 
 
729 aa  598  1e-170  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.13 
 
 
718 aa  600  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.34 
 
 
695 aa  599  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.65 
 
 
730 aa  600  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.66 
 
 
718 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.83 
 
 
710 aa  601  1e-170  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.38 
 
 
721 aa  600  1e-170  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.05 
 
 
699 aa  600  1e-170  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.17 
 
 
701 aa  598  1e-169  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.33 
 
 
700 aa  595  1e-169  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2075  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.61 
 
 
712 aa  597  1e-169  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.57561 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 
710 aa  598  1e-169  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
722 aa  598  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.71 
 
 
716 aa  595  1e-169  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
712 aa  598  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.02 
 
 
698 aa  593  1e-168  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.96 
 
 
712 aa  593  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
713 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
713 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
713 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
713 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.56 
 
 
692 aa  592  1e-168  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.02 
 
 
698 aa  593  1e-168  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.36 
 
 
708 aa  595  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
713 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
713 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
713 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.56 
 
 
690 aa  592  1e-168  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.26 
 
 
714 aa  593  1e-168  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.34 
 
 
728 aa  590  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.73 
 
 
713 aa  589  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.83 
 
 
714 aa  590  1e-167  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.83 
 
 
693 aa  589  1e-167  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
720 aa  588  1e-167  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 
701 aa  590  1e-167  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
714 aa  588  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.83 
 
 
715 aa  586  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1167  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.27 
 
 
698 aa  587  1e-166  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.3 
 
 
715 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.81 
 
 
715 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.3 
 
 
714 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1822  3' exoribonuclease  46.71 
 
 
714 aa  585  1e-166  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000787127  normal  0.140023 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.7 
 
 
715 aa  588  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.86 
 
 
710 aa  587  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.3 
 
 
714 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.24 
 
 
715 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000289568  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.16 
 
 
712 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>